24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1359  |  回复: 3

xingyanfei

金虫 (正式写手)

[求助] DNA模拟

请问大家有将DNA变形后,模拟的吗?有将他们变形成发卡结构的吗?都怎么变的呢?有什么软件改的?
回复此楼
00fei00fei00fei00fei00fei00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

candery

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2012-07-26 16:19:36
xingyanfei: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢 2012-07-27 20:19:40
我做过短片段的DNA模拟,六个碱基对,在100ns范围内没发现明显形变,只是看到有碱基对打开的情况。
要得到发夹结构的DNA可能需要额外对DNA施加外力对它形变,即做SMD;或者直接找到发夹结构进行模拟。
我推荐用AMBER程序和AMBER99的力场,这个力场计算DNA比较准确。
2楼2012-07-26 14:21:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zmz148002989

新虫 (初入文坛)

DNA的变形是很容易达到的,用SMD固然可以,但是很麻烦而且可操作性很差。这种变形用VMD的TCL命令就完美建模
3楼2012-08-01 12:15:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xingyanfei

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zmz148002989 at 2012-08-01 12:15:44
DNA的变形是很容易达到的,用SMD固然可以,但是很麻烦而且可操作性很差。这种变形用VMD的TCL命令就完美建模

请教tcl命令,如何改变呢?可以加好友吗?
00fei00fei00fei00fei00fei00
4楼2012-08-01 16:34:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xingyanfei 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料调剂 +7 dxy调剂 2026-04-04 7/350 2026-04-05 09:15 by 陌秋26
[考研] 301求调剂 +12 121. 2026-04-04 12/600 2026-04-05 09:00 by 来看流星雨10
[考研] 298分 070300求调剂 +13 zwen03 2026-04-02 13/650 2026-04-04 23:13 by 无际的草原
[考研] 材料383求调剂 +5 郭阳阳阳成 2026-04-04 5/250 2026-04-04 19:06 by dongzh2009
[考研] 277工科求调剂 +7 1915668 2026-04-04 7/350 2026-04-04 17:21 by 啊俊!
[考研] 一志愿中国石油大学化学工程323分求调剂 +4 化工专硕323分 2026-04-03 6/300 2026-04-03 22:12 by dongzh2009
[考研] 293求调剂 +5 末未mm 2026-04-02 6/300 2026-04-03 15:20 by 王保杰33
[考研] 085600专硕材料与化工348分求调剂 +10 上学啦! 2026-04-01 11/550 2026-04-03 14:13 by 百灵童888
[考研] 315分 085602 求调剂 +15 26考研上岸版26 2026-04-02 15/750 2026-04-03 12:45 by xingguangj
[考研] 319求调剂 +18 太容易1018 2026-04-01 18/900 2026-04-03 11:18 by linyelide
[考研] 复试调剂 +3 bvzz 2026-04-01 3/150 2026-04-03 09:47 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿厦门大学材料工程专硕354找调剂!!! +8 贝呗钡钡 2026-03-30 8/400 2026-04-03 09:41 by hypershenger
[考研] 土木304求调剂 +4 兔突突突, 2026-04-02 5/250 2026-04-02 21:16 by 兔突突突,
[考研] 一志愿华南师范大学-22408计算机-292分-求华南师范大学调剂 +4 爱读书的小鳄鱼 2026-04-02 4/200 2026-04-02 18:35 by 求调剂zz
[考研] 348求调剂 +6 吴彦祖24k 2026-04-02 6/300 2026-04-02 14:07 by 给你你注意休息
[考研] 266分,一志愿电气工程,本科材料,求材料专业调剂 +4 哇呼哼呼哼 2026-04-02 4/200 2026-04-02 13:10 by yulian1987
[考研] 285求调剂 +11 AZMK 2026-04-01 11/550 2026-04-01 22:40 by peike
[考研] 一志愿 南京航空航天大学 ,080500材料科学与工程学硕 +7 @taotao 2026-03-30 7/350 2026-04-01 14:30 by chenqifeng666
[考研] 复试调剂 +7 双马尾痞老板2 2026-03-31 7/350 2026-03-31 19:49 by Dyhoer
[考研] 求调剂 +8 11ggg 2026-03-30 8/400 2026-03-31 13:56 by nanaliuyun
信息提示
请填处理意见