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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 请问这种情况下是不是需要修改原来序列文件
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77638333

金虫 (著名写手)

[求助] 请问这种情况下是不是需要修改原来序列文件

序列文件是Fasta格式的，直接从blast NCBI下载的，当时没有编辑，结果用Clustal进行多重序列比对成了下面的样子，“>”后面的基因名称不见了。这种情况下，有没有必要重新编辑序列文件，将“>”后面的多余符号去掉，只保留物种名称？即“>gb|AE017180.1|:770620-771102 Geobacter sulfurreducens PCA”是不是要改为“Geobacter sulfurreducens PCA”？ 谢谢!!!



gb|CP002031.1|_749305-749787        --------------TCACCCGGTCACGGCGATG-TCGATGCT-TCCCTCC
gb|AE017180.1|_770620-771102        --------------TCACCCGGTCACGGCGATG-TCGATGCT-TCCCTCC
gb|CP000698.1|_2567490-2567969      -----------------TCAGTTCACTGTGATA-TCGAGGCT-CCCTTCC
gb|CP000148.1|_2960020-2960505      ATGAACAGGAGAACTTTCTTGAAGACGGCGGCCCTTGGGGCCGTGGCTGC
                                                        *   ** * *    * *  **      * *
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喝啥别喝三鹿，学啥别学生物
1楼 2012-07-26 02:48:31
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度_T

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
77638333: 金币+1, ★有帮助, 哦，按你的意思改的话非常麻烦啊……不然不在这里问了。 2012-07-31 02:12:52
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-07-31 13:36:19
你是需要全长比对吗？ 看起来这几个序列比对的范围不一致。局部比对可以用BioEdit进行手工编辑的。序列的名字是可以看你的心情更改的，只要以后你看得懂，或者别人看得懂。
赞一下 回复此楼
一天之后，一周之后，半年之后···
2楼2012-07-30 17:20:28
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
77638333: 金币+1, ★有帮助, 改是可以改，只是非常麻烦啊!!所以故有此问。 2012-07-31 02:13:13
是可以手工改的，>之后的内容如果你不需要可以删除，也可以加上你觉得必要的信息。
赞一下 回复此楼
3楼2012-07-30 20:38:12
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