24小时热门版块排行榜    

查看: 463  |  回复: 2

77638333

金虫 (著名写手)

[求助] 请问这种情况下是不是需要修改原来序列文件

序列文件是Fasta格式的,直接从blast NCBI下载的,当时没有编辑,结果用Clustal进行多重序列比对成了下面的样子,“>”后面的基因名称不见了。这种情况下,有没有必要重新编辑序列文件,将“>”后面的多余符号去掉,只保留物种名称?即“>gb|AE017180.1|:770620-771102 Geobacter sulfurreducens PCA”是不是要改为“Geobacter sulfurreducens PCA”? 谢谢!!!



gb|CP002031.1|_749305-749787        --------------TCACCCGGTCACGGCGATG-TCGATGCT-TCCCTCC
gb|AE017180.1|_770620-771102        --------------TCACCCGGTCACGGCGATG-TCGATGCT-TCCCTCC
gb|CP000698.1|_2567490-2567969      -----------------TCAGTTCACTGTGATA-TCGAGGCT-CCCTTCC
gb|CP000148.1|_2960020-2960505      ATGAACAGGAGAACTTTCTTGAAGACGGCGGCCCTTGGGGCCGTGGCTGC
                                                        *   ** * *    * *  **      * *
回复此楼
喝啥别喝三鹿,学啥别学生物
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

度_T

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
77638333: 金币+1, 有帮助, 哦,按你的意思改的话非常麻烦啊……不然不在这里问了。 2012-07-31 02:12:52
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-07-31 13:36:19
你是需要全长比对吗? 看起来这几个序列比对的范围不一致。局部比对可以用BioEdit进行手工编辑的。序列的名字是可以看你的心情更改的,只要以后你看得懂,或者别人看得懂。
一天之后,一周之后,半年之后···
2楼2012-07-30 17:20:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖


77638333: 金币+1, 有帮助, 改是可以改,只是非常麻烦啊!!所以故有此问。 2012-07-31 02:13:13
是可以手工改的,>之后的内容如果你不需要可以删除,也可以加上你觉得必要的信息。
3楼2012-07-30 20:38:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 77638333 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 HEQlVqMTIA7d 2026-08-07 4/200 2026-08-08 04:07 by 6vVgjDL4CnGu
[基金申请] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 KXLV3nuBVBY7 2026-08-07 3/150 2026-08-08 03:27 by 6vVgjDL4CnGu
[基金申请] 基金中了 +14 laoda193707 2026-08-06 14/700 2026-08-08 00:23 by 实验小白ha
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 娱乐 +6 Tide man 2026-08-03 6/300 2026-08-07 22:40 by 铁帽子农民
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变,有变的大神么? +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
[基金申请] 听说今天filecode变了 +24 布布和一二 2026-08-06 47/2350 2026-08-07 16:02 by zhiyanjiang
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +3 布布和一二 2026-08-07 3/150 2026-08-07 15:09 by gltch
[基金申请] filecode变化情况 +6 布布和一二 2026-08-07 22/1100 2026-08-07 14:45 by 且听虎啸
[论文投稿] 十年后又回来了,论文投稿求助 +4 哈哈114477 2026-08-01 4/200 2026-08-07 14:39 by jgy194592
[基金申请] 大家散了吧,后缀研究没有意义,别浪费时间了,过好目前的每一天,不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 7/350 2026-08-07 13:11 by 医学老男孩
[基金申请] 关于豆爷回答的JTJC与%2F数量 +4 yang182083 2026-08-06 6/300 2026-08-07 12:43 by 虫友是什么虫
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 8月时间戳变的,举个手。玩一下,释放压力 +9 archvillain 2026-08-04 11/550 2026-08-05 20:06 by wlwhappy
[基金申请] 好消息?这个有何含义??? +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
[考博] 【2027博士申请】纳米药物递送方向 20+3 13586093586 2026-08-03 4/200 2026-08-05 09:59 by lfy8008
[基金申请] 有没有H口的?有收到消息的吗? +3 超级海虾 2026-08-04 3/150 2026-08-04 17:26 by 学教育滴
[基金申请] 纯娱乐,不喜欢勿喷 +7 Tide man 2026-08-04 10/500 2026-08-04 15:10 by loufangrui
[基金申请] 面上提前没消息,有中的吗 +14 archvillain 2026-08-02 18/900 2026-08-04 14:42 by archvillain
信息提示
请填处理意见