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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 化合物PKa计算
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cpujacs

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[交流] 化合物PKa计算已有5人参与

化合物pKa，用DS，薛定谔和ACD/Labs三种软件计算结果相差很大，该相信哪一个？
还有DS里面给出两个pKa，我理解是一个是第一个是整个分子的，第二个是其中某原子的，是否可以这样理解？
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1楼2012-07-25 18:52:26
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cola2005

木虫 (小有名气)
★ ★
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chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-07-26 09:06:27
相信ACDLabs的吧。

理解偏差，你的分子中含多个氮原子吧。
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2楼2012-07-26 00:28:35
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药物设计

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★ ★
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chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-07-26 18:47:13
ACDLabs 里面会有不同pH值的pKa，我也赞同使用ACDLabs的在线pKa预测！
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3楼2012-07-26 11:02:48
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cpujacs

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引用回帖:
2楼: Originally posted by cola2005 at 2012-07-26 00:28:35
相信ACDLabs的吧。

理解偏差，你的分子中含多个氮原子吧。

有两个N，不过应该只有一个显碱性
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4楼2012-07-26 12:51:58
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cpujacs

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引用回帖:
3楼: Originally posted by 药物设计 at 2012-07-26 11:02:48
ACDLabs 里面会有不同pH值的pKa，我也赞同使用ACDLabs的在线pKa预测！

ACDLabs的在线pKa预测
这个怎么预测呢？给个网址可以吗？
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5楼2012-07-26 12:54:32
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1445118

铁杆木虫 (正式写手)
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引用回帖:
3楼: Originally posted by 药物设计 at 2012-07-26 11:02:48
ACDLabs 里面会有不同pH值的pKa，我也赞同使用ACDLabs的在线pKa预测！

你好！请教，ACD在线预测里面有ACD pKa和pKa，两个计算结果不一样，二者有什么区别吗？给出两个pKa该怎么理解呢？比如一个化合物给出pKa1=12.8，pKa2=5.86，我选择流动相的时候该用多大pH呢，谢谢！
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人生就像一场旅行，不必在乎目的地，在乎的是沿途的风景和看风景的心情~~~
6楼2012-08-31 16:40:06
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zhang2011079

金虫 (小有名气)
★
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请问楼主  ACD是如何在线预测pKa值呢？谢谢
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7楼2018-04-12 16:40:53
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sunshaofang

铁虫 (小有名气)
★
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emuch: 屏蔽内容, 违规存档, 违规发布联系方式 2019-02-12 10:31:22
本帖内容被屏蔽
8楼2019-02-08 21:25:55
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