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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 23SrRNA引物
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刁寒冰

银虫 (小有名气)

[求助] 23SrRNA引物

各位虫友：大家有时间帮我看看呗！
知道怎样设计23SrRNA引物不？
我做细菌耐药突变，想看看耐药后23SrRNA变化，如果知道基因全序列，序列那么长，怎么知道那段是我想要的呢？
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1楼 2012-07-24 16:06:47
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wu_shiyong

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我有时做菌种鉴定，扩的是16S的，都是有通用引物的。32S也应该有吧！
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低调稳重务实内敛---------------残
2楼2012-07-24 16:43:26
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温倾心

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
先找找资料查查比较灵敏的SNPs位点呗，根据位点设计引物比较好耶
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世界纷纷扰扰喧喧闹闹什么是真实
3楼2012-07-24 16:59:04
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刁寒冰

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wu_shiyong at 2012-07-24 16:43:26
我有时做菌种鉴定，扩的是16S的，都是有通用引物的。32S也应该有吧！

我要检测的是碱基突变，不知用通用引物，行不？
查了一些文献，也没看到想要的
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4楼2012-07-24 19:06:12
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刁寒冰

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 温倾心 at 2012-07-24 16:59:04
先找找资料查查比较灵敏的SNPs位点呗，根据位点设计引物比较好耶

没查到相关资料，也没找到SNP位点！现在只有个全序列，
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5楼2012-07-24 19:09:48
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wu_shiyong

银虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 刁寒冰 at 2012-07-24 19:06:12
我要检测的是碱基突变，不知用通用引物，行不？
查了一些文献，也没看到想要的...

你查一下看看它可能发生突变的位点，参照别是物种的！全序列多大？
弱弱的问下32S即使某个地方有突变他和耐药性有相关性吗？
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低调稳重务实内敛---------------残
6楼2012-07-25 08:54:14
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刁寒冰

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wu_shiyong at 2012-07-25 08:54:14
你查一下看看它可能发生突变的位点，参照别是物种的！全序列多大？
弱弱的问下32S即使某个地方有突变他和耐药性有相关性吗？...

全序列有几十万长度！
是否与耐药性有关，要看具体的突变位置，在分析
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7楼2012-07-25 09:23:16
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wu_shiyong

银虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 刁寒冰 at 2012-07-25 09:23:16
全序列有几十万长度！
是否与耐药性有关，要看具体的突变位置，在分析...

那直接在有可能与耐药性有关的地方设计引物。
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低调稳重务实内敛---------------残
8楼2012-07-25 10:10:49
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fwks3518

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励积极交流解答问题 2012-07-26 15:29:06
找上十来株不同菌的23s序列，然后比对。因为你的目的就是看耐药后23s是否发生突变，所以要在两端没有变化的最保守位置设计引物才对，如果太长的话也可以分段设计。总之，在易变区域的两侧设计引物就可以了。一般单向测序长度可以达到500~600bp，最初100多bp是信号不太好的区域，所以至少在两侧100bp开外开始设计引物。
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9楼2012-07-26 14:47:03
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刁寒冰

银虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by fwks3518 at 2012-07-26 14:47:03
找上十来株不同菌的23s序列，然后比对。因为你的目的就是看耐药后23s是否发生突变，所以要在两端没有变化的最保守位置设计引物才对，如果太长的话也可以分段设计。总之，在易变区域的两侧设计引物就可以了。一般单向 ...

嗯，先根据全序列中23S，我试一下！
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10楼2012-07-26 15:37:37
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