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刁寒冰

银虫 (小有名气)

[求助] 23SrRNA引物

各位虫友:大家有时间帮我看看呗!
知道怎样设计23SrRNA引物不?
我做细菌耐药突变,想看看耐药后23SrRNA变化,如果知道基因全序列,序列那么长,怎么知道那段是我想要的呢?
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fwks3518

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
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小丹木木: 金币+2, 鼓励积极交流解答问题 2012-07-26 15:29:06
找上十来株不同菌的23s序列,然后比对。因为你的目的就是看耐药后23s是否发生突变,所以要在两端没有变化的最保守位置设计引物才对,如果太长的话也可以分段设计。总之,在易变区域的两侧设计引物就可以了。一般单向测序长度可以达到500~600bp,最初100多bp是信号不太好的区域,所以至少在两侧100bp开外开始设计引物。
9楼2012-07-26 14:47:03
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