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刁寒冰

银虫 (小有名气)

[求助] 23SrRNA引物

各位虫友:大家有时间帮我看看呗!
知道怎样设计23SrRNA引物不?
我做细菌耐药突变,想看看耐药后23SrRNA变化,如果知道基因全序列,序列那么长,怎么知道那段是我想要的呢?
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wu_shiyong

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
我有时做菌种鉴定,扩的是16S的,都是有通用引物的。32S也应该有吧!
低调稳重务实内敛---------------残
2楼2012-07-24 16:43:26
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温倾心

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
先找找资料查查比较灵敏的SNPs位点呗,根据位点设计引物比较好耶
世界纷纷扰扰喧喧闹闹什么是真实
3楼2012-07-24 16:59:04
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刁寒冰

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wu_shiyong at 2012-07-24 16:43:26
我有时做菌种鉴定,扩的是16S的,都是有通用引物的。32S也应该有吧!

我要检测的是碱基突变,不知用通用引物,行不?
查了一些文献,也没看到想要的
4楼2012-07-24 19:06:12
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刁寒冰

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 温倾心 at 2012-07-24 16:59:04
先找找资料查查比较灵敏的SNPs位点呗,根据位点设计引物比较好耶

没查到相关资料,也没找到SNP位点!现在只有个全序列,
5楼2012-07-24 19:09:48
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wu_shiyong

银虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 刁寒冰 at 2012-07-24 19:06:12
我要检测的是碱基突变,不知用通用引物,行不?
查了一些文献,也没看到想要的...

你查一下看看它可能发生突变的位点,参照别是物种的!全序列多大?
弱弱的问下32S即使某个地方有突变他和耐药性有相关性吗?
低调稳重务实内敛---------------残
6楼2012-07-25 08:54:14
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刁寒冰

银虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by wu_shiyong at 2012-07-25 08:54:14
你查一下看看它可能发生突变的位点,参照别是物种的!全序列多大?
弱弱的问下32S即使某个地方有突变他和耐药性有相关性吗?...

全序列有几十万长度!
是否与耐药性有关,要看具体的突变位置,在分析
7楼2012-07-25 09:23:16
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wu_shiyong

银虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 刁寒冰 at 2012-07-25 09:23:16
全序列有几十万长度!
是否与耐药性有关,要看具体的突变位置,在分析...

那直接在有可能与耐药性有关的地方设计引物。
低调稳重务实内敛---------------残
8楼2012-07-25 10:10:49
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fwks3518

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励积极交流解答问题 2012-07-26 15:29:06
找上十来株不同菌的23s序列,然后比对。因为你的目的就是看耐药后23s是否发生突变,所以要在两端没有变化的最保守位置设计引物才对,如果太长的话也可以分段设计。总之,在易变区域的两侧设计引物就可以了。一般单向测序长度可以达到500~600bp,最初100多bp是信号不太好的区域,所以至少在两侧100bp开外开始设计引物。
9楼2012-07-26 14:47:03
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刁寒冰

银虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by fwks3518 at 2012-07-26 14:47:03
找上十来株不同菌的23s序列,然后比对。因为你的目的就是看耐药后23s是否发生突变,所以要在两端没有变化的最保守位置设计引物才对,如果太长的话也可以分段设计。总之,在易变区域的两侧设计引物就可以了。一般单向 ...

嗯,先根据全序列中23S,我试一下!
10楼2012-07-26 15:37:37
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