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vetszh1181

银虫 (小有名气)

[求助] 有高人吗？基因序列预测分析

有高人吗？我要做一个鸡上的基因，但这个基因在GENEBANK上还没有参考序列，只有人和小鼠的，还有几种其它动物，但它们的序列相似性较低，使用人的mRNA序列和鸡的基因组序列BLAST也找不到匹配区域，我应该怎么分析预测这一基因的序列啊？
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1楼 2012-07-22 20:14:43
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

547star

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-07-23 15:51:12
鸡的基因组已经测得差不多了吧,est序列电子克隆试过没?如果没办法,先找动物,特别是鸟类,比如鸭之类的相似基因,看看蛋白质保守区氨基酸序列是什么情况,试试简并引物和Oligo-dT做RT-PCR。
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vetszh1181 vetszh1181
为什么
3楼2012-07-22 20:52:54
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jl860822

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你连这个基因的序列都不知道，你怎么知道它与人和小鼠的相似性低？建议你在NCBI上找这个基因，而不是找鸡这个种属，然后比对一下目前已知的物种在这个基因上的相似性
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8楼2012-07-23 18:45:36
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普通回帖

凤凰-涅磐

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
上中国知网百度一篇类似的文章，借鉴别人的方法，要学会随机应变，这是自学的基础
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吃得苦中苦，方为人上人
2楼2012-07-22 20:22:32
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vetszh1181

银虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by 547star at 2012-07-22 20:52:54
鸡的基因组已经测得差不多了吧,est序列电子克隆试过没?如果没办法,先找动物,特别是鸟类,比如鸭之类的相似基因,看看蛋白质保守区氨基酸序列是什么情况,试试简并引物和Oligo-dT做RT-PCR。

关键就是找不到鸟类的相似基因，根据人、鼠的相似基因设计简并引物跑出一段序列和人、鼠完全没有相似性
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4楼2012-07-22 21:17:57
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547star

木虫 (著名写手)
纯化目标蛋白做质谱,再做简并引物RT-PCR。

.
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为什么
5楼2012-07-23 12:33:08
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yfsyp

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
如果经费比较充足，可以试试用找到的人或鼠或同类的物种随机进行引物设计
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6楼2012-07-23 13:44:21
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vetszh1181

银虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by 547star at 2012-07-22 20:52:54
鸡的基因组已经测得差不多了吧,est序列电子克隆试过没?如果没办法,先找动物,特别是鸟类,比如鸭之类的相似基因,看看蛋白质保守区氨基酸序列是什么情况,试试简并引物和Oligo-dT做RT-PCR。

关键就是找不到鸟类的相似基因，根据人、鼠的相似基因设计简并引物跑出一段序列和人、鼠完全没有相似性
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7楼2012-07-23 18:06:10
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匿名

用户注销 (正式写手)
本帖仅楼主可见
9楼2012-07-23 18:52:38
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vetszh1181

银虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by jl860822 at 2012-07-23 18:45:36
你连这个基因的序列都不知道，你怎么知道它与人和小鼠的相似性低？建议你在NCBI上找这个基因，而不是找鸡这个种属，然后比对一下目前已知的物种在这个基因上的相似性

我比较了人、鼠、牛、马、斑马鱼、猪等动物的cDNA，相似性很低
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10楼2012-07-23 19:03:08
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