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mirror3895

铁杆木虫 (正式写手)


[交流] 关于利用限制性内切酶对大量细菌进行快速分型的问题

有个问题想和大家讨论一下或者请教高人,我们经常可以在文献中看到使用ARDRA方法(限制性)对16s rDNA克隆文库中的大量克隆子进行快速分型,具有相同带型的作为一个OTU,那么可以说一个OTU中的克隆子是一个属的吗?或者说在什么水平上(纲、目还是科)属于一类?我自己思前想后觉得这么下结论不科学,但是在前些年克隆文库方法盛行而高通量测序还没发展起来时,研究者们做生态学方面研究时都会采用ARDRA从大量克隆子中筛选出代表性的拿去测序,说明这个方法还是有一定的科学性的。现在我就是缺少一些证据或者说是多数人的认可,有点怀疑。
大家如果有比较懂的或者有相关文献指明该方法可以将克隆子(微生物16S rRNA gene)精确分类的,麻烦大家顺手推荐一下啊,谢谢
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zhaojin2399

金虫 (小有名气)


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mirror3895: 金币+3 2012-07-22 20:41:17
我觉得ARDRA方法(限制性)做的酶切分型的OTU和细菌种属是不同的两个概念,无法进行比较分析,比如DNA切出的片段一样,OTU就一样,不管是几种酶切的,但如果中间碱基不同(通过酶切的方法无法确定碱基有多少不同),序列信息就不同,种属分布就不同甚至会有很大差别。酶切的方法有酶切方法的科学依据,就是大致分类,但不能在不同种属水平上进行比较,这样是不科学的,个人看法啊~~
2楼2012-07-22 08:37:16
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张少存

新虫 (初入文坛)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我也想知道 楼主知道了告诉我下
3楼2016-03-02 17:20:53
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lfxz2001

新虫 (初入文坛)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
测序序列大于97算一个otu

发自小木虫IOS客户端
4楼2016-03-03 02:36:32
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