24小时热门版块排行榜    

查看: 938  |  回复: 3

mirror3895

铁杆木虫 (正式写手)


[交流] 关于利用限制性内切酶对大量细菌进行快速分型的问题

有个问题想和大家讨论一下或者请教高人,我们经常可以在文献中看到使用ARDRA方法(限制性)对16s rDNA克隆文库中的大量克隆子进行快速分型,具有相同带型的作为一个OTU,那么可以说一个OTU中的克隆子是一个属的吗?或者说在什么水平上(纲、目还是科)属于一类?我自己思前想后觉得这么下结论不科学,但是在前些年克隆文库方法盛行而高通量测序还没发展起来时,研究者们做生态学方面研究时都会采用ARDRA从大量克隆子中筛选出代表性的拿去测序,说明这个方法还是有一定的科学性的。现在我就是缺少一些证据或者说是多数人的认可,有点怀疑。
大家如果有比较懂的或者有相关文献指明该方法可以将克隆子(微生物16S rRNA gene)精确分类的,麻烦大家顺手推荐一下啊,谢谢
欢迎踊跃发言,多多指点
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

» 抢金币啦!回帖就可以得到:

查看全部散金贴

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaojin2399

金虫 (小有名气)


★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
mirror3895: 金币+3 2012-07-22 20:41:17
我觉得ARDRA方法(限制性)做的酶切分型的OTU和细菌种属是不同的两个概念,无法进行比较分析,比如DNA切出的片段一样,OTU就一样,不管是几种酶切的,但如果中间碱基不同(通过酶切的方法无法确定碱基有多少不同),序列信息就不同,种属分布就不同甚至会有很大差别。酶切的方法有酶切方法的科学依据,就是大致分类,但不能在不同种属水平上进行比较,这样是不科学的,个人看法啊~~
2楼2012-07-22 08:37:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

张少存

新虫 (初入文坛)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我也想知道 楼主知道了告诉我下
3楼2016-03-02 17:20:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lfxz2001

新虫 (初入文坛)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
测序序列大于97算一个otu

发自小木虫IOS客户端
4楼2016-03-03 02:36:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 mirror3895 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0703化学 305求调剂 +5 FY_yy 2026-03-14 5/250 2026-03-21 19:00 by ColorlessPI
[考研] 材料学硕301分求调剂 +6 Liyouyumairs 2026-03-21 6/300 2026-03-21 17:42 by JourneyLucky
[考研] 280求调剂 +10 咕噜晓晓 2026-03-18 11/550 2026-03-21 17:40 by 学员8dgXkO
[考研] 317求调剂 +9 申子申申 2026-03-19 15/750 2026-03-21 17:31 by 学员8dgXkO
[考研] 生物学一志愿985,分数349求调剂 +3 zxts12 2026-03-21 3/150 2026-03-21 16:34 by 33来了真来了
[考研] 286分人工智能专业请求调剂愿意跨考! +4 lemonzzn 2026-03-17 7/350 2026-03-21 16:09 by lemonzzn
[考研] 279分求调剂 一志愿211 +14 chaojifeixia 2026-03-19 15/750 2026-03-21 13:24 by zhukairuo
[考研] 一志愿华中科技大学071000,求调剂 +3 沿岸有贝壳6 2026-03-21 3/150 2026-03-21 10:35 by 暮云清寒
[考研] 328求调剂,英语六级551,有科研经历 +4 生物工程调剂 2026-03-17 8/400 2026-03-21 02:12 by JourneyLucky
[考研] 一志愿武理材料305分求调剂 +6 想上岸的鲤鱼 2026-03-18 7/350 2026-03-21 01:03 by JourneyLucky
[考研] 321求调剂 +9 何润采123 2026-03-18 11/550 2026-03-20 23:19 by JourneyLucky
[考研] 330求调剂 +4 小材化本科 2026-03-18 4/200 2026-03-20 23:13 by JourneyLucky
[考研] 考研调剂求学校推荐 +3 伯乐29 2026-03-18 5/250 2026-03-20 22:59 by JourneyLucky
[考研] 药学383 求调剂 +3 药学chy 2026-03-15 5/250 2026-03-20 22:11 by 云游重阳
[考研] 一志愿华中农业071010,总分320求调剂 +3 困困困困坤坤 2026-03-20 3/150 2026-03-20 20:38 by 学员8dgXkO
[考研] 生物学调剂招人!!! +3 山海天岚 2026-03-17 4/200 2026-03-19 21:34 by 怎么释怀
[考研] 收复试调剂生 +4 雨后秋荷 2026-03-18 4/200 2026-03-18 14:16 by elevennnne
[考研] 302求调剂 +4 小贾同学123 2026-03-15 8/400 2026-03-17 10:33 by 小贾同学123
[考研] 东南大学364求调剂 +5 JasonYuiui 2026-03-15 5/250 2026-03-16 21:28 by 木瓜膏
[考研] 中科院材料273求调剂 +4 yzydy 2026-03-15 4/200 2026-03-16 15:59 by Gaodh_82
信息提示
请填处理意见