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mirror3895

铁杆木虫 (正式写手)

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[交流] 关于利用限制性内切酶对大量细菌进行快速分型的问题

有个问题想和大家讨论一下或者请教高人，我们经常可以在文献中看到使用ARDRA方法（限制性）对16s rDNA克隆文库中的大量克隆子进行快速分型，具有相同带型的作为一个OTU，那么可以说一个OTU中的克隆子是一个属的吗？或者说在什么水平上（纲、目还是科）属于一类？我自己思前想后觉得这么下结论不科学，但是在前些年克隆文库方法盛行而高通量测序还没发展起来时，研究者们做生态学方面研究时都会采用ARDRA从大量克隆子中筛选出代表性的拿去测序，说明这个方法还是有一定的科学性的。现在我就是缺少一些证据或者说是多数人的认可，有点怀疑。
大家如果有比较懂的或者有相关文献指明该方法可以将克隆子（微生物16S rRNA gene）精确分类的，麻烦大家顺手推荐一下啊，谢谢

欢迎踊跃发言，多多指点

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1楼 2012-07-21 10:47:19

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zhaojin2399

金虫 (小有名气)

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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
mirror3895: 金币+3 2012-07-22 20:41:17

我觉得ARDRA方法（限制性）做的酶切分型的OTU和细菌种属是不同的两个概念，无法进行比较分析，比如DNA切出的片段一样，OTU就一样，不管是几种酶切的，但如果中间碱基不同(通过酶切的方法无法确定碱基有多少不同)，序列信息就不同，种属分布就不同甚至会有很大差别。酶切的方法有酶切方法的科学依据，就是大致分类，但不能在不同种属水平上进行比较，这样是不科学的，个人看法啊~~