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虎毛

木虫 (正式写手)

[求助] 新人求助:对A+B=C+D的反应,用QST2寻找过渡态,反应物,生成物坐标该怎么创建

如题,新人斗胆提问小白问题:对于多分子比如A+B=C+D这样的反应,用QST2方法寻找过渡态时,应当优化A和B/C和D的复合物作为输入的反应物/产物,而不是单独优化A、B然后拼到一起。那么这个A和B/C和D的复合物该如何创建,优化才最合理呢?本人没有化学知识(自从高中毕业就没有学过化学),现在用量子化学研究煤焦燃烧,网上说要是要使反应的中心尽量靠近,需要一定的化学常识(基础),那么我该如何提高这部分化学常识呢,比如推荐一些入门的书籍就好。我需要最基础的书籍就好,不用太深的。希望得到各位的指点!

PS:看别的帖子说,把A和B放在一起优化问题很多,存在放的进攻点、进攻方向问题,经常是不收敛。我现在的问题是没有化学相关知识,不知道这个进攻点,进攻方向该如何把握。希望各位能够提供一些最基础的化学书籍补充一下相关知识。隔行如隔山,希望大家不吝赐教!

[ Last edited by 虎毛 on 2012-7-19 at 10:05 ]
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)


你可以把A, B, C, D分子贴出来,让别人给点建议,比你自己现学快很多。
2楼2012-07-20 02:58:18
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gujing136

禁虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你查查文献,看看是一种什么样的结构,然后构建,优化。
叫老猫的兔子
3楼2012-07-20 11:12:26
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虎毛

木虫 (正式写手)

虎毛: 回帖置顶 2012-07-20 14:42:34
引用回帖:
2楼: Originally posted by ChemiAndy at 2012-07-20 02:58:18
你可以把A, B, C, D分子贴出来,让别人给点建议,比你自己现学快很多。

多谢回帖。我算的都是很简单的反应,比如CO+NO------CO2+N这个反应,我知道这个反应中没有中间体,只有一个过渡态,用QST2算,该如何构建反应物和生成物呢?我在优化反应物的时候,CO和NO分子该怎样摆放合理一点,距离,角度,包括二面角等等怎么把握呢,我试着优化了几次都不收敛。问题可能太小白了,但是身边没人搞这一块,希望得到您的指点。
4楼2012-07-20 14:42:19
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
虎毛: 金币+15, ★★★★★最佳答案, 十分感谢,对我有一些启发。 2012-07-21 09:54:28
虎毛: 回帖置顶 2012-07-21 09:54:39
那肯定是NO的O对着CO的C了,NO--CO, 然后开始做优化找起始态;
产物态可以从OCO--N开始做优化。
不收敛可能是自旋多重态设置不对。
起始物NO--CO的多重度应该是2 (NO有1个未成对电子)
OCO--N的多重度应该是4 (N有3个未成对电子)
5楼2012-07-21 01:14:37
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xzz1007

金虫 (小有名气)

送红花一朵
A+B-->C这类的反应比较适合使用qst2,我觉得应该用ts试试
阳光总在风雨后,再坚持坚持吧.....
6楼2013-04-27 10:27:07
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刘小伟110

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ChemiAndy at 2012-07-20 02:58:18
你可以把A, B, C, D分子贴出来,让别人给点建议,比你自己现学快很多。

Andy,我想问你一下,在计算分子吸附和单原子吸附时,您都加如自选多重态吗,还有就是在vasp计算未成对电子的自旋多重度问题,有2个未成对电子,设置NUPDOWN=3,那么在INCAR里还需要设置ISPIN=2和MAGMOM吗,ICHARG还用设置吗,另外,如果单个H原子吸附在slab上,是不是要设置NUPDOWN=2呢,H2O分子吸附的话,是不是就不用设置了呢。。。因为我最后要算反应能呢。。。。
慢慢的思考。。。
7楼2014-03-12 15:32:35
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