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简单且完美的把MS导出的文件转成POSCAR 已有19人参与
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所需的软件：MS和VMD（一款很好的查看分子结构的软件） 方法：在MS中把建立的模型Export成***.car文件，然后用VMD打开，点击file-save coordinator，在type中选择POSCAR，保存即可，软件直接会输出POSCAR格式文件。 |
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fzx2008: 金币+3, 谢谢分享 2012-08-28 10:17:47
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fzx2008: 金币+3, 谢谢分享 2012-08-28 10:17:47
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好吧，我贴出个自己写的小程序吧： ============== #!/bin/sh # pick up the Lattice Vector sed -n '/BLOCK LATTICE_CART/,/ENDBLOCK LATTICE_CART/ p' $1 | grep -v LATTICE_CART > lat_temp # pick up the Position ordination of Atoms in Fractral style sed -n '/BLOCK POSITIONS_FRAC/,/ENDBLOCK POSITIONS_FRAC/ p' $1 | grep -v POSITIONS_FRAC > pos_temp # obtain the number of Species sed -n '/BLOCK SPECIES_LCAO_STATES/,/ENDBLOCK SPECIES_LCAO_STATES/ p' $1 |grep -v SPECIES_LCAO_STATES > species_temp species=`wc -l species_temp` #sed -n '1~2p' species_temp > temp awk '{print $1}' species_temp > temp mv -f temp species_temp >| POSCAR for i in `cat species_temp` do echo -n $i' ' >> POSCAR # split the every elements grep "\<$i\>" pos_temp > pos_$i # modify the pos_element sed -e 's/$/\ \ \ T\ \ \ T\ \ \ T/' pos_$i > temp colrm 1 4 < temp > temp1 mv -f temp1 temp # sort the ordination as the C- sort -r -n -k 3 temp > temp1 mv -f temp1 temp mv temp pos_$i done echo >> POSCAR # delete the pos files rm -f pos_temp # add the default lattice factor 1.000 echo ' '1.000 >> POSCAR # add the Lattice Vector cat lat_temp >> POSCAR # add the number of every species echo -n ' ' >> POSCAR for i in `cat species_temp` do atoms=`wc -l pos_$i|awk '{print $1}'` echo -n $atoms' ' >> POSCAR done echo >> POSCAR #delete the speies file rm -f species_temp # delete the temp files rm -f lat_temp echo 'Selective Dynamics' >> POSCAR echo 'Direct' >> POSCAR ===================== 把=====之间的保持为cell2POSCAR，运行的时候./cell2POSCAR cellfile就可以了，最后生成每个元素的文件，然后可以使用cat自己按照自己想要组合的顺序组合即可。 |
10楼2012-08-27 09:45:07
3楼2012-07-19 08:08:23
uuv2010
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4楼2012-07-19 09:52:28
w76990480
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2楼2012-07-19 06:42:50
to_Landau
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
sunyang1988: 金币+2, 谢谢交流 2012-07-19 23:15:29
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
sunyang1988: 金币+2, 谢谢交流 2012-07-19 23:15:29
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做成POSCA后，可以用P4VASP转成selective dynamics, 对着VESTA里面的原子的标号在P4VASP里面固定原子很方便 比方说：在VESTA 里面选中某个你想固定的原子，下面会显示它的标号 E%7DBD%241B%5BDW.jpg%2F0_1322_379.jpg&width=492&height=378&rotate=0&keyfrom=#opennewwindow) 然后，在P4VASP里面，把对应的原子后面的选项的对勾去掉，就固定住了  6CHZ%25N%24L~QWP64(8S.jpg%2F0_1322_379.jpg&width=485&height=378&rotate=0&keyfrom=#opennewwindow) PS：你这朗道的头像很帅嘛 [ Last edited by huangll99 on 2012-7-19 at 10:21 ] |
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6楼2012-07-19 10:12:49
to_Landau
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AesNaegea
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9楼2012-08-22 22:15:52
