| 查看: 7899 | 回复: 27 | ||||||||||||||
| 本帖产生 1 个 1ST强帖 ，点击这里进行查看 | ||||||||||||||
[交流]
简单且完美的把MS导出的文件转成POSCAR 已有19人参与
|
||||||||||||||
|
所需的软件：MS和VMD（一款很好的查看分子结构的软件） 方法：在MS中把建立的模型Export成***.car文件，然后用VMD打开，点击file-save coordinator，在type中选择POSCAR，保存即可，软件直接会输出POSCAR格式文件。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 VASP and MS | 第一性原理相关文档 | 表征和测试分析 | vasp计算资料 |
| @个人收集@ | Graduate | Photochemistry | condensed matter physics |
| 模拟 | good resources | 计算和软件 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
w76990480» 猜你喜欢
332求调剂
已经有5人回复
-
085701求调剂初试286分
已经有3人回复
-
材料工程294求调剂
已经有4人回复
-
本科新能源科学与工程，一志愿华理能动285求调剂
已经有10人回复
-
070305高分子化学与物理 304分求调剂
已经有5人回复
-
083000学硕274求调剂
已经有8人回复
-
一志愿北京化工大学材料与化工（085600）296求调剂
已经有10人回复
-
求调剂一志愿海大，0703化学学硕304分，有大创项目，四级已过
已经有11人回复
-
071000生物学求调剂，初试成绩343
已经有7人回复
-
0703化学调剂，求导师收
已经有8人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- VASP计算金刚石 E-V关系后Origin拟合出问题
已经有29人回复
- ms转化为 poscar
已经有3人回复
- 求助，MS导出.car文件时出错！
已经有4人回复
- 求助:怎样把MS输出的.CELL文件输入到VESTA中,并生成POSCAR？
已经有4人回复
- 为什么我的vesta的export data格式没有.vasp，没办法转换成POSCAR？
已经有12人回复
- 关于vesta转换为poscar的问题
已经有6人回复
- MS无法导出任何格式的文件
已经有4人回复
- 怎样从MS得到VASP的输入文件POSCAR啊
已经有14人回复
- 网上Cif 转 POSCAR
已经有4人回复
- 在线VASP工具箱，欢迎多提建议，继续完善。
已经有96人回复
- 怎么从iscd中把cif 文件导出来？我一点击导出就不行
已经有4人回复
- VASP中POSCAR文件的生成
已经有8人回复
- 【求助】ms模型原子坐标的导出
已经有11人回复
- 【原创】vasp的POSCAR转换成cif格式程序修改版
已经有7人回复
- 【原创】将POSCAR转化为cif文件的一个脚本
已经有145人回复
- 【原创】通过CASTEP产生POSCAR文件【已搜索“CASTEP”+“POSCAR”，无重复】
已经有20人回复
chenweiguang
金虫 (小有名气)
- 应助: 11 (小学生)
- 金币: 576.2
- 红花: 4
- 帖子: 281
- 在线: 153.6小时
- 虫号: 441663
- 注册: 2007-10-27
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
fzx2008: 金币+3, 谢谢分享 2012-08-28 10:17:47
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
fzx2008: 金币+3, 谢谢分享 2012-08-28 10:17:47
|
好吧，我贴出个自己写的小程序吧： ============== #!/bin/sh # pick up the Lattice Vector sed -n '/BLOCK LATTICE_CART/,/ENDBLOCK LATTICE_CART/ p' $1 | grep -v LATTICE_CART > lat_temp # pick up the Position ordination of Atoms in Fractral style sed -n '/BLOCK POSITIONS_FRAC/,/ENDBLOCK POSITIONS_FRAC/ p' $1 | grep -v POSITIONS_FRAC > pos_temp # obtain the number of Species sed -n '/BLOCK SPECIES_LCAO_STATES/,/ENDBLOCK SPECIES_LCAO_STATES/ p' $1 |grep -v SPECIES_LCAO_STATES > species_temp species=`wc -l species_temp` #sed -n '1~2p' species_temp > temp awk '{print $1}' species_temp > temp mv -f temp species_temp >| POSCAR for i in `cat species_temp` do echo -n $i' ' >> POSCAR # split the every elements grep "\<$i\>" pos_temp > pos_$i # modify the pos_element sed -e 's/$/\ \ \ T\ \ \ T\ \ \ T/' pos_$i > temp colrm 1 4 < temp > temp1 mv -f temp1 temp # sort the ordination as the C- sort -r -n -k 3 temp > temp1 mv -f temp1 temp mv temp pos_$i done echo >> POSCAR # delete the pos files rm -f pos_temp # add the default lattice factor 1.000 echo ' '1.000 >> POSCAR # add the Lattice Vector cat lat_temp >> POSCAR # add the number of every species echo -n ' ' >> POSCAR for i in `cat species_temp` do atoms=`wc -l pos_$i|awk '{print $1}'` echo -n $atoms' ' >> POSCAR done echo >> POSCAR #delete the speies file rm -f species_temp # delete the temp files rm -f lat_temp echo 'Selective Dynamics' >> POSCAR echo 'Direct' >> POSCAR ===================== 把=====之间的保持为cell2POSCAR，运行的时候./cell2POSCAR cellfile就可以了，最后生成每个元素的文件，然后可以使用cat自己按照自己想要组合的顺序组合即可。 |
10楼2012-08-27 09:45:07
3楼2012-07-19 08:08:23
uuv2010
荣誉版主 (职业作家)
- 1ST强帖: 6
- 应助: 160 (高中生)
- 贵宾: 3.14
- 金币: 3681.7
- 散金: 5802
- 红花: 79
- 沙发: 35
- 帖子: 4560
- 在线: 916小时
- 虫号: 966216
- 注册: 2010-03-09
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
- 管辖: 第一性原理
4楼2012-07-19 09:52:28
w76990480
荣誉版主 (文坛精英)
super-emuch
- 应助: 47 (小学生)
- 贵宾: 13.729
- 金币: 109757
- 散金: 29386
- 红花: 337
- 沙发: 50
- 帖子: 23155
- 在线: 3166.8小时
- 虫号: 942733
- 注册: 2010-01-15
- 专业: 固体力学
- 管辖: 文献求助
2楼2012-07-19 06:42:50
to_Landau
铁杆木虫 (正式写手)
小木虫
- 应助: 7 (幼儿园)
- 金币: 7377.9
- 散金: 10
- 帖子: 777
- 在线: 209.5小时
- 虫号: 1880385
- 注册: 2012-07-05
- 性别: GG
- 专业: 基础物理学
5楼2012-07-19 09:58:06
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
sunyang1988: 金币+2, 谢谢交流 2012-07-19 23:15:29
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
sunyang1988: 金币+2, 谢谢交流 2012-07-19 23:15:29
|
做成POSCA后，可以用P4VASP转成selective dynamics, 对着VESTA里面的原子的标号在P4VASP里面固定原子很方便 比方说：在VESTA 里面选中某个你想固定的原子，下面会显示它的标号 E%7DBD%241B%5BDW.jpg%2F0_1322_379.jpg&width=492&height=378&rotate=0&keyfrom=#opennewwindow) 然后，在P4VASP里面，把对应的原子后面的选项的对勾去掉，就固定住了  6CHZ%25N%24L~QWP64(8S.jpg%2F0_1322_379.jpg&width=485&height=378&rotate=0&keyfrom=#opennewwindow) PS：你这朗道的头像很帅嘛 [ Last edited by huangll99 on 2012-7-19 at 10:21 ] |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
6楼2012-07-19 10:12:49
to_Landau
铁杆木虫 (正式写手)
小木虫
- 应助: 7 (幼儿园)
- 金币: 7377.9
- 散金: 10
- 帖子: 777
- 在线: 209.5小时
- 虫号: 1880385
- 注册: 2012-07-05
- 性别: GG
- 专业: 基础物理学
7楼2012-07-19 11:24:42
shilonglee
金虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 1400.5
- 散金: 34
- 红花: 1
- 帖子: 353
- 在线: 199.2小时
- 虫号: 1139328
- 注册: 2010-11-05
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
学习了！ 8楼2012-07-19 22:07:13
AesNaegea
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 164
- 散金: 10
- 帖子: 31
- 在线: 42.2小时
- 虫号: 1523215
- 注册: 2011-12-04
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
9楼2012-08-22 22:15:52
