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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 高分子与某表面原子径向分布函数分析
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沧海扶摇

金虫 (小有名气)

[求助] 高分子与某表面原子径向分布函数分析


为研究某高分子E（由ABC三种元素组成）与物质D表面的的相互作用，利用分子动力学进行了模拟，拟利用径向分布函数说明一些问题，设置所有的A、B、C原子各为A、B、C基组，整个分子为E基组；物质D为另一基组，然后利用MS自带的分析功能，得出径向分布函数，A-D、B-D、C-D与E-D径向分布函数分别，如下，

弱弱问一下，感觉得到的图形比较奇怪（可否对它做平滑处理），应该如何分析？盼高手予以指点迷津！
谢谢！

A原子与D原子之间径向分布函数



B原子与D原子之间径向分布函数



C原子与D原子之间径向分布函数



分子E与D原子之间径向分布函数（E是由A、B、C三种原子组成）
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达人观物外之物，思身后之身！
1楼 2012-07-16 19:02:42
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沧海扶摇

金虫 (小有名气)
没人关注
自己给自己顶一下
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达人观物外之物，思身后之身！
2楼2012-07-16 23:01:35
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hanbo528

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
沧海扶摇: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 非常感谢！ 2012-07-18 21:47:59
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-07-19 14:00:58
MS里面可以导出这些数据的，然后用Origin画图，可以平滑曲线（spline）。
从你这图里，看出E-D距离最近是在2.5左右，分析A-D，B-D，C-D的图形，发现B-D的距离也是在这个数值附近。说明高分子主要通过B原子在D表面吸附。
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3楼2012-07-18 17:17:01
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沧海扶摇

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by hanbo528 at 2012-07-18 17:17:01
MS里面可以导出这些数据的，然后用Origin画图，可以平滑曲线（spline）。
从你这图里，看出E-D距离最近是在2.5左右，分析A-D，B-D，C-D的图形，发现B-D的距离也是在这个数值附近。说明高分子主要通过B原子在D表面吸 ...

请问径向分布函数曲线确实可以进行平滑处理吗？
注：以上A、B、C原子都是都是高分子中所有的A类原子组成的A基组，并非代表一个原子
这种分析与选择两个原子进行径向分布函数
有何区别？
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达人观物外之物，思身后之身！
4楼2012-07-18 21:58:54
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hanbo528

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+4, 鼓励详细应助 2012-07-19 14:01:24
引用回帖:
4楼: Originally posted by 沧海扶摇 at 2012-07-18 21:58:54
请问径向分布函数曲线确实可以进行平滑处理吗？
注：以上A、B、C原子都是都是高分子中所有的A类原子组成的A基组，并非代表一个原子
这种分析与选择两个原子进行径向分布函数
有何区别？...

当然可以平滑，在origin里面用Spline或者B-spline，见图。


这种一类原子一起分析没什么问题，就是找出哪一类原子最容易与表面吸附。而单个的分析原子对之间的径向分布主要是对于反应活性中心（比如你要分析CO2气体分子在高分子某个特定位点的N原子上的吸附，你可以做C-N的径向分布来分析），一般对于高分子而言，里面原子非常多，单独分析两个原子之间的径向分布意义不大。

没有平滑的图，MS直接给出的



Origin平滑后的图，选的是B-spline
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5楼2012-07-19 10:35:27
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沧海扶摇

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by hanbo528 at 2012-07-18 17:17:01
MS里面可以导出这些数据的，然后用Origin画图，可以平滑曲线（spline）。
从你这图里，看出E-D距离最近是在2.5左右，分析A-D，B-D，C-D的图形，发现B-D的距离也是在这个数值附近。说明高分子主要通过B原子在D表面吸 ...

E-D与B-D的最近距离都是2.5左右，但是在2.5左右的RDF值毕竟较小，
所以得出“通过B原子在D表面吸附”的结论是否还有待商榷？
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达人观物外之物，思身后之身！
6楼2012-07-20 23:30:45
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kimchiu

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

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7楼2013-01-15 11:12:09
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peerlesszjh

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by hanbo528 at 2012-07-19 10:35:27
当然可以平滑，在origin里面用Spline或者B-spline，见图。


这种一类原子一起分析没什么问题，就是找出哪一类原子最容易与表面吸附。而单个的分析原子对之间的径向分布主要是对于反应活性中心（比如你要分析CO ...

我想问下 怎么分析径向分布函数阿  利用它怎么分析结构阿 氢键阿 范德华力之类的阿 能否讲一下  还有有什么好的资料啊
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8楼2014-06-11 16:27:31
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高分子达人

银虫 (小有名气)
感觉楼主的x轴取点的间距太大了！！
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9楼2015-11-13 12:55:36
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