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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » APBS软件适用范围
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hxy2011

金虫 (小有名气)

[求助] APBS软件适用范围

APBS软件可不可以分析酶蛋白和氨基酸结合?求高手指教啊
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1楼 2012-07-13 20:50:11
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by comdisc at 2013-06-18 17:02:03
请推荐一些量化软件，能够模拟丝氨酸变成色氨酸的过程，即底物到产物的变化情况，涉及到键的形成或者断裂。...

收费的gaussian,不收费的orca,gamess等
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6楼2013-06-18 18:20:31
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-07-14 09:38:06
你是要做对接还是干啥？APBS的长处不在于计算酶与氨基酸(小肽？)的结合~
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2楼2012-07-14 09:11:34
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hxy2011

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-07-14 09:11:34
你是要做对接还是干啥？APBS的长处不在于计算酶与氨基酸(小肽？)的结合~

我做的只是酶催化丝氨酸成色氨酸的过程，这样是不是只能用Autodock做对接，看能量变化啊？
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3楼2012-07-14 13:38:06
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-07-15 14:18:02
引用回帖:
3楼: Originally posted by hxy2011 at 2012-07-14 13:38:06
我做的只是酶催化丝氨酸成色氨酸的过程，这样是不是只能用Autodock做对接，看能量变化啊？...

你要是比较酶对不同底物的结合情况差异，可以用对接，如果你想模拟丝氨酸变成色氨酸的过程，即底物到产物的变化情况，涉及到键的形成或者断裂就得用量化软件了~
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4楼2012-07-15 11:44:25
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