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flymice

金虫 (著名写手)

[求助] 关于高分子链的建模

求问,我想建立关于pvdf分子的模型。我已经知道pvdf的晶体结构,在建完晶体结构之后,由于计算能力有限,只能从中取出一段包含8各原子的链。这个时候如果使用两端自动加氢的功能,原来原子的位置也会发生改变;不使用那个功能的话,又不知道应该怎么样把氢原子加上去,求问高手,这个时候应当怎么办?谢谢了。
附图如下:
说明,白色的是H原子,黑色的是C原子,其余是F原子。

这是从晶体结构里面得来的结构,很明显,同一侧的F原子不在一条直线上,同一侧H原子也不在一条直线上。

加氢后,除了最前端的H原子,后面的同一侧H原子都在一条直线上

使用clean功能后,同一侧H原子及F原子都在一条直线上,与原来结构差别颇大。

求问此时该当如何是好?
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Believeinyourself,impossibleisnothing.
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4楼2020-03-29 20:51:20
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uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主

【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流 2012-07-02 21:17:20
flymice: 金币+30, ★★★很有帮助, 谢谢诶。 2012-07-14 10:16:47
flymice: 金币+20, 有帮助, 无其余答案,全部送给你吧。 2012-08-17 13:45:04
如果想手动添加原子的话,可以直接add atoms,然后填入想要添加原子的坐标(也就是图中的氢原子);
另外一种办法是直接用画笔添加,然后调整键长键角到所需要的位置
需要说明的是:这样建立的结构都是错略的初始构型,计算中需要优化,性质的计算都需要采用优化后的构型
2楼2012-07-02 20:12:08
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看谁还有

金虫 (小有名气)

送红花一朵
膜拜大神,可以帮忙传一下PVDF的cif文件吗?万分感谢
3楼2019-04-05 20:26:09
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