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flymice金虫 (著名写手)
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[求助]
关于高分子链的建模
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求问，我想建立关于pvdf分子的模型。我已经知道pvdf的晶体结构，在建完晶体结构之后，由于计算能力有限，只能从中取出一段包含8各原子的链。这个时候如果使用两端自动加氢的功能，原来原子的位置也会发生改变；不使用那个功能的话，又不知道应该怎么样把氢原子加上去，求问高手，这个时候应当怎么办？谢谢了。 附图如下： 说明，白色的是H原子，黑色的是C原子，其余是F原子。  这是从晶体结构里面得来的结构，很明显，同一侧的F原子不在一条直线上，同一侧H原子也不在一条直线上。  加氢后，除了最前端的H原子，后面的同一侧H原子都在一条直线上  使用clean功能后，同一侧H原子及F原子都在一条直线上，与原来结构差别颇大。 求问此时该当如何是好？ |
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uuv2010
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如果想手动添加原子的话，可以直接add atoms，然后填入想要添加原子的坐标（也就是图中的氢原子）； 另外一种办法是直接用画笔添加，然后调整键长键角到所需要的位置 需要说明的是：这样建立的结构都是错略的初始构型，计算中需要优化，性质的计算都需要采用优化后的构型 |
2楼2012-07-02 20:12:08
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