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flymice

金虫 (著名写手)

[求助] 关于高分子链的建模

求问,我想建立关于pvdf分子的模型。我已经知道pvdf的晶体结构,在建完晶体结构之后,由于计算能力有限,只能从中取出一段包含8各原子的链。这个时候如果使用两端自动加氢的功能,原来原子的位置也会发生改变;不使用那个功能的话,又不知道应该怎么样把氢原子加上去,求问高手,这个时候应当怎么办?谢谢了。
附图如下:
说明,白色的是H原子,黑色的是C原子,其余是F原子。

这是从晶体结构里面得来的结构,很明显,同一侧的F原子不在一条直线上,同一侧H原子也不在一条直线上。

加氢后,除了最前端的H原子,后面的同一侧H原子都在一条直线上

使用clean功能后,同一侧H原子及F原子都在一条直线上,与原来结构差别颇大。

求问此时该当如何是好?
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Believeinyourself,impossibleisnothing.
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