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tfl03木虫 (职业作家)
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[求助]
Lammps： 请帮忙建立一个 石墨 graphite 的输入晶格模型，发短息亦可
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用下面的语句建立模型，老出问题，主要是开始原子个数都不对，谢谢！ units metal boundary p p p dimension 3 atom_style atomic #想建立石墨graphite的晶格，根据MS的数据，六方结构，a=b=2.46和c=6.8 Angstroms，a和b程120°，其余90° lattice custom 2.46 a1 1 0 0 a2 -0.5 0.866 0 a3 0 0 2.74 & basis 0 0 0 basis 0.333 0.667 0 & basis 0 0 0.5 basis 0.667 0.333 0.5 #region box block 0 1 0 1 0 1 #create_box 1 box #create_atoms 1 box #说有6个原子，丢了4个 region myr1 prism 0 1 0 1 0 1 0 0 0 create_box 1 myr1 create_atoms 1 region myr1 #同样说有6个原子，丢了4个 mass 1 12.0 velocity all create 5.0 87287 loop geom pair_style rebo pair_coeff * * CH.airebo C pair_modify shift yes neighbor 0.3 bin neigh_modify delay 0 every 1 check yes fix 1 all nve #fix 2 all enforce dump 1 all atom 100 dump.min thermo 100 run 1000 neigh_modify delay 0 every 1 check yes dump_modify 1 every 25 thermo 50 minimize 1.0e-26 0.00001 1000 10000 [ Last edited by tfl03 on 2012-6-24 at 14:59 ] |
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tfl03
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今天又实验了好几次，还是不对。lammps的graphite输入文件错在哪里吗？ units metal boundary p p p dimension 3 atom_style atomic #lattice custom 2.46 a1 1 0 0 a2 -0.5 0.866 0 a3 0 0 2.74 & #basis 0 0 0 basis 0.333 0.667 0 & #basis 0 0 0.5 basis 0.667 0.333 0.5 #region box block 0 1 0 1 0 1 #create_box 1 box #create_atoms 1 box #lattice custom 1.42 a1 1.5 -0.866 0 a2 1.5 0.866 0 a3 0 0 5.46 & # basis 0 0 0 basis 0.5 0.866 0 basis 0 0 2.73 #lattice custom 1.42 a1 1.732 0 0 a2 0.866 1.5 0 a3 0.866 0.5 2.73 & # basis 0 0 0 basis 0 1 0 #lattice custom 1.42 a1 1.5 -0.866 0 a2 1.5 0.866 0 a3 0 0 4.7887 & # basis 0 0 0 basis 0.5 0.866 0 basis 0 0 0.5 lattice custom 2.46 a1 0.5 -0.866 0 a2 0.5 0.866 0 a3 0 0 2.73 & basis 0 0 0 basis 0.5 0.433 0 & basis 0 0 0.5 basis 0.5 -0.433 0.5 region myr1 prism 0 1 0 1 0 1 0 0 0 create_box 1 myr1 create_atoms 1 region myr1 |
7楼2012-06-25 07:40:05
【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
tfl03: 金币+10, ★有帮助, 我想做的是石墨，不是石墨烯，能给点建议吗？ 2012-06-24 15:13:36
chaizhm: 金币+4, 谢谢~ 2012-06-25 08:57:44
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chaizhm: 金币+4, 谢谢~ 2012-06-25 08:57:44
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好久不用lammps了，懒得细看in文件， 我给你推荐个更简单的方法建立石墨烯模型 VMD，里面有插件直接可以生成你所需要的模型大小和性质。 比如我建立的一个正方形，中间有个孔的石墨烯单层，要转换成lammps数据，只需要载入模型： mol load psf g_hole.psf pdb g_hole.pdb 然后输入命令： topo writelammpsdata ok.data 就得到了lammps的data文件 |
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2012-06-24 15:12:18, 580.92 K
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tfl03
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