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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » Lammps： 请帮忙建立一个 石墨 graphite 的输入晶格模型，发短息亦可
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tfl03

木虫 (职业作家)

[求助] Lammps： 请帮忙建立一个 石墨 graphite 的输入晶格模型，发短息亦可

用下面的语句建立模型，老出问题，主要是开始原子个数都不对，谢谢！
units                metal
boundary        p p p
dimension        3
atom_style        atomic

#想建立石墨graphite的晶格，根据MS的数据，六方结构，a=b=2.46和c=6.8 Angstroms，a和b程120°，其余90°
lattice custom 2.46 a1  1 0 0 a2 -0.5 0.866 0 a3 0 0 2.74 &
              basis 0 0 0    basis 0.333 0.667 0 &
              basis 0 0 0.5  basis 0.667 0.333 0.5

#region                box block 0 1 0 1 0 1
#create_box        1 box
#create_atoms        1 box        
#说有6个原子，丢了4个

region                myr1 prism 0 1 0 1 0 1 0 0 0
create_box        1 myr1
create_atoms        1 region myr1
#同样说有6个原子，丢了4个

mass                1 12.0


velocity        all create 5.0 87287 loop geom

pair_style rebo
pair_coeff * * CH.airebo C
pair_modify        shift yes

neighbor        0.3 bin
neigh_modify        delay 0 every 1 check yes

fix                1 all nve
#fix                2 all enforce

dump                1 all atom 100 dump.min

thermo                100

run                1000

neigh_modify        delay 0 every 1 check yes

dump_modify        1 every 25
thermo                50
minimize        1.0e-26 0.00001 1000 10000

[ Last edited by tfl03 on 2012-6-24 at 14:59 ]
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1楼 2012-06-24 14:56:39
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
tfl03: 金币+10, ★有帮助, 我想做的是石墨，不是石墨烯，能给点建议吗？ 2012-06-24 15:13:36
chaizhm: 金币+4, 谢谢~ 2012-06-25 08:57:44
好久不用lammps了，懒得细看in文件，
我给你推荐个更简单的方法建立石墨烯模型
VMD，里面有插件直接可以生成你所需要的模型大小和性质。
比如我建立的一个正方形，中间有个孔的石墨烯单层，要转换成lammps数据，只需要载入模型：
mol load psf g_hole.psf pdb g_hole.pdb
然后输入命令：
topo writelammpsdata ok.data
就得到了lammps的data文件
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  • 附件 1 : g_hole.psf
    • 2012-06-24 15:12:18, 580.92 K
  • 附件 2 : g_hole.pdb
    • 2012-06-24 15:12:19, 264.61 K
  • 附件 3 : ok.data
    • 2012-06-24 15:12:29, 489.86 K
2楼2012-06-24 15:11:56
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-06-25 08:57:57
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-06-24 15:11:56
好久不用lammps了，懒得细看in文件，
我给你推荐个更简单的方法建立石墨烯模型
VMD，里面有插件直接可以生成你所需要的模型大小和性质。
比如我建立的一个正方形，中间有个孔的石墨烯单层，要转换成lammps数据， ...

你要的石墨是不是这样，
有很多层的？



这样也可以用VMD生成啊

[ Last edited by jiaoyixiong on 2012-6-24 at 15:20 ]
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3楼2012-06-24 15:19:02
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tfl03

木虫 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-06-24 15:19:02
你要的石墨是不是这样，
有很多层的？

4c/5c/1108016_1340522386_895.jpg

这样也可以用VMD生成啊
...

是的，周期性的。
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此处回帖者，声名水上流。
4楼2012-06-24 15:20:40
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
tfl03: 金币+10, 好的，我试验一下 2012-06-24 15:25:17
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-25 08:58:12
引用回帖:
4楼: Originally posted by tfl03 at 2012-06-24 15:20:40
是的，周期性的。...

那就对了啊
你试试VMD里的插件建模吧
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5楼2012-06-24 15:22:36
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tfl03

木虫 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-06-24 15:19:02
你要的石墨是不是这样，
有很多层的？

4c/5c/1108016_1340522386_895.jpg

这样也可以用VMD生成啊
...

我对vmd不熟悉。我估计我的是格式问题，如果格式对的话，就几句话就解决问题了。

lattice custom 2.46 a1  1 0 0 a2 -0.5 0.866 0 a3 0 0 2.74 &
              basis 0 0 0    basis 0.333 0.667 0 &
              basis 0 0 0.5  basis 0.667 0.333 0.5

#region                box block 0 1 0 1 0 1
#create_box        1 box
#create_atoms        1 box        
#说有6个原子，丢了4个
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此处回帖者，声名水上流。
6楼2012-06-24 15:24:16
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tfl03

木虫 (职业作家)
今天又实验了好几次，还是不对。lammps的graphite输入文件错在哪里吗？

units metal
boundary p p p
dimension 3
atom_style atomic

#lattice custom 2.46 a1 1 0 0 a2 -0.5 0.866 0 a3 0 0 2.74 &
#basis 0 0 0 basis 0.333 0.667 0 &
#basis 0 0 0.5 basis 0.667 0.333 0.5
#region box block 0 1 0 1 0 1
#create_box 1 box
#create_atoms 1 box

#lattice custom 1.42 a1 1.5 -0.866 0 a2 1.5 0.866 0 a3 0 0 5.46 &
#        basis 0 0 0 basis 0.5 0.866 0 basis 0 0 2.73


#lattice custom 1.42 a1 1.732 0 0 a2 0.866 1.5 0 a3 0.866 0.5 2.73 &
#        basis 0 0 0 basis 0 1 0

#lattice custom 1.42 a1 1.5 -0.866 0 a2 1.5 0.866 0 a3 0 0 4.7887 &
#        basis 0 0 0 basis 0.5 0.866 0 basis 0 0 0.5

lattice custom 2.46 a1 0.5 -0.866 0 a2 0.5 0.866 0 a3 0 0 2.73 &
basis 0 0 0   basis 0.5  0.433 0   &
basis 0 0 0.5 basis 0.5 -0.433 0.5

region myr1 prism 0 1 0 1 0 1 0 0 0
create_box 1 myr1
create_atoms 1 region myr1
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7楼2012-06-25 07:40:05
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大红
好
8楼2012-06-25 08:09:48
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zhoucb
9楼2012-06-25 08:41:18
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