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g03w B.01版本中，叶立德型有机化合物计算优势构象基组选择
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各位前辈好，我是刚刚接触g03w没多久的菜鸟，看了很多手册对很多问题还是不太明白，希望得到您们的帮助。 我需要计算一个N-N型叶立德化合物（含有最大原子为氯）的N-N键长，现在遇到了问题。我先描述一下我操作吧。 1， 先在Chem3D Ultra 10.0里面使用Calculations/MM2/Minimiz Energy初步优化了一下结构，点击叶立德的正电N原子和负电N原子发现显示的一个是charge:+1.00；一个是charge:-1.00，于是便用另存为选项保存为Gaussian Input file（gjf格式）。 2， 用UltraEdit10打开gjf格式的文件，发现Chem3D使用的是笛卡尔直角坐标系表示的分子几何构形，里面没有电荷信息。但是我还是把它拿来运行g3w了。我在运行说明行和其后添加的内容是： #HF/6-31G Opt [No title] 0 1 C 0 -3.590182 1.533814 -0.029880 C 0 -3.484144 0.123764 -0.034077 . . . N 0 0.224491 -0.263694 -0.001520 . . N 0 0.642892 -1.677703 -0.011997 . . . H 0 5.824028 -0.951299 0.044691 H 0 4.228762 0.961336 0.055007 3，运行winows单机版本的g03w后每次都跳出错误信息： Severe Error Message # 2070 The processing of the last link ended abnormally. All processing has been aborted. 打开输出文件.out发现最后内容是： Rotational constants (GHZ): 1.4189680 0.2965498 0.2452883 Standard basis: 6-31G (6D, 7F) The combination of multiplicity 1 and 115 electrons is impossible. Error termination via Lnk1e in F:\G03W\l301.exe at Mon Apr 30 13:19:33 2007. Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 2.0 seconds. File lengths (MBytes): RWF= 11 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1 4， 查找帮助手册知道了l301是用来生成基组信息的，我想应该是基组选择出错了，于是把它改成最小的基组STO-3G结果也是一样，改成6-311G和6-31G**也是如此！ 以上就是我的操作了。我现在想问的有以下几条： 1，叶立德型化合物（含有最大原子为氯）在HF方法里应该用什么基组计算最优构象？ 2，描述叶立德型化合物（含有最大原子为氯）的分子构象是用笛卡尔直角坐标还是用z矩阵？我直接用Chem3D 10.0转换成的输入文件是否正确？如错我应该怎么改正？ 3，Charge关键字指定在计算中包含背景电荷的分布。我是不是可以在笛卡尔直角坐标里面含电荷的原子用charge关键字标示出来？标示出来又应该怎么标示？我实在没法理解03中文手册上的那个例子！！ 4， 叶立德型化合物的净电荷为0，我输入的电荷与自旋多重度有没有错？ 5，我是否能将得到的已经优化的输出文件转化成Chem3D那种点击原子就能看见键长键角信息的格式？最后得到的Optimized Parameters应该怎样去转化成可视化的信息？ 实在是太谢谢各位走过路过的前辈帮忙了！这个问题困扰了我好长时间了都还是没有搞定！郁闷啊 我的email :wcumsjy@hotmail.com 附件就是我要计算的结构! [ Last edited by zzgyb on 2008-3-28 at 09:19 ] |
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- 性别: GG
- 专业: 能源化工
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在计算的时候出现一个与楼主相似的问题 算氛噻嗪的阳离子时分子构建之后 在Editplus中显示的信息多了一个H 原子！！ 这是怎么回事? 具体信息： # b3lyp/6-31g opt 1+.MOP 1 1 C C 1 1.429031 C 2 1.419968 1 119.578354 C 3 1.420013 2 119.998000 1 7.455719 C 4 1.419998 3 119.999756 2 0.000000 C 1 1.419952 2 119.581848 3 348.832153 N 4 1.445984 3 119.998000 2 179.367538 C 7 1.446000 4 109.471863 3 234.525604 C 8 1.419952 7 119.998000 4 306.474045 S 5 1.814987 4 117.997681 3 175.658905 C 8 1.419968 7 119.998000 4 125.901031 C 11 1.419952 8 119.998000 7 180.548538 C 12 1.429321 11 119.562622 8 352.404388 C 9 1.419968 8 119.998000 7 183.258759 H 1 1.099991 2 119.998000 3 176.281387 H 2 1.100006 1 120.001495 6 176.295364 H 3 1.099960 2 120.001495 1 188.025238 H 6 1.099976 1 120.001495 2 186.881714 H 7 1.044968 4 109.471863 3 114.523361 H 7 1.045044 4 109.470108 3 354.523605 H 11 1.099991 8 119.998000 7 1.141785 H 12 1.099991 11 131.153610 8 173.067581 H 13 1.099930 12 131.155365 11 192.046860 H 14 1.099991 9 119.999756 8 179.451462 |
17楼2007-09-21 10:56:44
niliu
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2楼2007-04-30 15:16:53
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#HF/6-31G opt [No Title] 0 1 C 0 -3.590182 1.533814 -0.029880 C 0 -3.484144 0.123764 -0.034077 C 0 -2.242338 -0.479991 -0.025158 C 0 -1.068742 0.315800 -0.010300 C 0 -1.167222 1.720186 -0.002884 C 0 -2.454718 2.319490 -0.014380 N 0 0.224491 -0.263694 -0.001520 C 0 1.342083 0.524811 0.016961 C 0 1.267951 1.951947 0.026512 C 0 0.027363 2.529237 0.015573 N 0 0.642892 -1.677703 -0.011997 C 0 2.012969 -1.685058 -0.000172 C 0 2.474260 -0.354707 0.019852 C 0 2.920361 -2.774118 -0.008044 C 0 4.271132 -2.485702 0.007472 C 0 4.738433 -1.143828 0.031464 C 0 3.860933 -0.075820 0.037349 H 0 -4.585705 2.006994 -0.038547 H 0 -4.397562 -0.493036 -0.044867 H 0 -2.168710 -1.579086 -0.028775 H 0 -2.556594 3.416962 -0.010999 H 0 2.181956 2.564764 0.040250 H 0 -0.052314 3.628602 0.021069 H 0 0.011174 -2.510237 -0.028795 H 0 2.554575 -3.811990 -0.026889 H 0 5.001695 -3.311438 0.001083 H 0 5.824028 -0.951299 0.044691 H 0 4.228762 0.961336 0.055007 |
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