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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » g03w B.01版本中，叶立德型有机化合物计算优势构象基组选择
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scjiang

银虫 (正式写手)

[交流] g03w B.01版本中，叶立德型有机化合物计算优势构象基组选择

各位前辈好，我是刚刚接触g03w没多久的菜鸟，看了很多手册对很多问题还是不太明白，希望得到您们的帮助。

我需要计算一个N-N型叶立德化合物（含有最大原子为氯）的N-N键长，现在遇到了问题。我先描述一下我操作吧。

1， 先在Chem3D Ultra 10.0里面使用Calculations/MM2/Minimiz Energy初步优化了一下结构，点击叶立德的正电N原子和负电N原子发现显示的一个是charge:+1.00；一个是charge:-1.00，于是便用另存为选项保存为Gaussian Input file（gjf格式）。

2， 用UltraEdit10打开gjf格式的文件，发现Chem3D使用的是笛卡尔直角坐标系表示的分子几何构形，里面没有电荷信息。但是我还是把它拿来运行g3w了。我在运行说明行和其后添加的内容是：
#HF/6-31G Opt

[No title]

0  1
C 0   -3.590182    1.533814   -0.029880
C 0   -3.484144    0.123764   -0.034077
.
.
.
N 0    0.224491   -0.263694   -0.001520
.
.
N 0    0.642892   -1.677703   -0.011997
.
.
.
H 0    5.824028   -0.951299    0.044691
H 0    4.228762    0.961336    0.055007

3，运行winows单机版本的g03w后每次都跳出错误信息：
Severe Error Message # 2070

The processing of the last link ended abnormally.
All processing has been aborted.
打开输出文件.out发现最后内容是：
Rotational constants (GHZ):      1.4189680      0.2965498      0.2452883
Standard basis: 6-31G (6D, 7F)
The combination of multiplicity 1 and   115 electrons is impossible.
Error termination via Lnk1e in F:\G03W\l301.exe at Mon Apr 30 13:19:33 2007.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  2.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     11 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1

4， 查找帮助手册知道了l301是用来生成基组信息的，我想应该是基组选择出错了，于是把它改成最小的基组STO-3G结果也是一样，改成6-311G和6-31G**也是如此！

以上就是我的操作了。我现在想问的有以下几条：

1，叶立德型化合物（含有最大原子为氯）在HF方法里应该用什么基组计算最优构象？

2，描述叶立德型化合物（含有最大原子为氯）的分子构象是用笛卡尔直角坐标还是用z矩阵？我直接用Chem3D 10.0转换成的输入文件是否正确？如错我应该怎么改正？

3，Charge关键字指定在计算中包含背景电荷的分布。我是不是可以在笛卡尔直角坐标里面含电荷的原子用charge关键字标示出来？标示出来又应该怎么标示？我实在没法理解03中文手册上的那个例子！！

4， 叶立德型化合物的净电荷为0，我输入的电荷与自旋多重度有没有错？

5，我是否能将得到的已经优化的输出文件转化成Chem3D那种点击原子就能看见键长键角信息的格式？最后得到的Optimized Parameters应该怎样去转化成可视化的信息？

实在是太谢谢各位走过路过的前辈帮忙了！这个问题困扰了我好长时间了都还是没有搞定！郁闷啊

我的email :wcumsjy@hotmail.com

附件就是我要计算的结构!

[ Last edited by zzgyb on 2008-3-28 at 09:19 ]
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1楼 2007-04-30 14:50:04
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niliu

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
bloveocean(金币+3):解答非常完美，多加点。
从出错提示来看，你输入的体系有115个电子，应该是输入的分子结构有问题。不妨把整个输入文件贴出来看看。
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2楼2007-04-30 15:16:53
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scjiang

银虫 (正式写手)
#HF/6-31G opt

[No Title]

  0  1
C 0   -3.590182    1.533814   -0.029880
C 0   -3.484144    0.123764   -0.034077
C 0   -2.242338   -0.479991   -0.025158
C 0   -1.068742    0.315800   -0.010300
C 0   -1.167222    1.720186   -0.002884
C 0   -2.454718    2.319490   -0.014380
N 0    0.224491   -0.263694   -0.001520
C 0    1.342083    0.524811    0.016961
C 0    1.267951    1.951947    0.026512
C 0    0.027363    2.529237    0.015573
N 0    0.642892   -1.677703   -0.011997
C 0    2.012969   -1.685058   -0.000172
C 0    2.474260   -0.354707    0.019852
C 0    2.920361   -2.774118   -0.008044
C 0    4.271132   -2.485702    0.007472
C 0    4.738433   -1.143828    0.031464
C 0    3.860933   -0.075820    0.037349
H 0   -4.585705    2.006994   -0.038547
H 0   -4.397562   -0.493036   -0.044867
H 0   -2.168710   -1.579086   -0.028775
H 0   -2.556594    3.416962   -0.010999
H 0    2.181956    2.564764    0.040250
H 0   -0.052314    3.628602    0.021069
H 0    0.011174   -2.510237   -0.028795
H 0    2.554575   -3.811990   -0.026889
H 0    5.001695   -3.311438    0.001083
H 0    5.824028   -0.951299    0.044691
H 0    4.228762    0.961336    0.055007
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3楼2007-04-30 15:24:06
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scjiang

银虫 (正式写手)
上面就是所有的输入文件！太感谢niliu帮忙了！
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4楼2007-04-30 15:24:56
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niliu

铁杆木虫 (著名写手)
你的分子式是C15H11N2吗？
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5楼2007-04-30 15:36:18
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scjiang

银虫 (正式写手)
分子式是C15H10N2！
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6楼2007-04-30 15:39:48
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niliu

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by scjiang at 2007-4-30 03:39 PM:
分子式是C15H10N2！

你的输入文件中多了一个氢原子啊，自己数数
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7楼2007-04-30 15:41:11
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scjiang

银虫 (正式写手)
啊 数了一下，发现确实多了一个氢原子！
那个氢原子是从哪里多出来的呢？

我修改了帖子，加了要计算的这个化合物的结构，前辈帮我看看是多出了哪个氢原子好吗？
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8楼2007-04-30 15:43:54
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niliu

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
biezhi(金币+2):非常感谢啊！
引用回帖:
Originally posted by scjiang at 2007-4-30 03:43 PM:
啊 数了一下，发现确实多了一个氢原子！
那个氢原子是从哪里多出来的呢？

我修改了帖子，加了要计算的这个化合物的结构，前辈帮我看看是多出了哪个氢原子好吗？

有个氮原子上多了个氢，贴上修改后的输入文件。
建议使用gaussview，祝好运！


# opt hf/6-31g

[No Title]

0 1
C
C                  1              B1
C                  2              B2    1              A1
C                  3              B3    2              A2    1              D1
C                  4              B4    3              A3    2              D2
C                  1              B5    2              A4    3              D3
N                  4              B6    3              A5    2              D4
C                  7              B7    4              A6    3              D5
C                  8              B8    7              A7    4              D6
C                  9              B9    8              A8    7              D7
N                  7             B10    4              A9    3              D8
C                 11             B11    7             A10    4              D9
C                 12             B12   11             A11    7             D10
C                 12             B13   11             A12    7             D11
C                 14             B14   12             A13   11             D12
C                 15             B15   14             A14   12             D13
C                 16             B16   15             A15   14             D14
H                  1             B17    6             A16    5             D15
H                  2             B18    1             A17    6             D16
H                  3             B19    2             A18    1             D17
H                  6             B20    1             A19    2             D18
H                  9             B21    8             A20    7             D19
H                 10             B22    9             A21    8             D20
H                 14             B23   12             A22   11             D21
H                 15             B24   14             A23   12             D22
H                 16             B25   15             A24   14             D23
H                 17             B26   16             A25   15             D24

   B1             1.41403772
   B2             1.38082649
   B3             1.41803796
   B4             1.40785416
   B5             1.38087129
   B6             1.41715983
   B7             1.36787922
   B8             1.42909200
   B9             1.36837202
   B10            1.47464932
   B11            1.37014777
   B12            1.40819890
   B13            1.41755913
   B14            1.38130620
   B15            1.42111635
   B16            1.38227420
   B17            1.10228874
   B18            1.10222099
   B19            1.10156433
   B20            1.10219551
   B21            1.10051740
   B22            1.10226223
   B23            1.10060566
   B24            1.10254390
   B25            1.10261456
   B26            1.10059191
   A1           120.22713141
   A2           119.93298992
   A3           120.13055210
   A4           120.38032332
   A5           121.72435612
   A6           120.66033963
   A7           122.23294805
   A8           117.92266481
   A9           130.61483530
   A10          106.78615552
   A11          108.82082198
   A12          130.10211207
   A13          117.74148132
   A14          121.25876009
   A15          121.39179080
   A16          119.89961340
   A17          119.72938020
   A18          119.75884636
   A19          119.37764617
   A20          120.86944516
   A21          119.09550657
   A22          120.78572872
   A23          119.44087984
   A24          119.26360928
   A25          121.06536879
   D1             0.06720649
   D2             0.08191279
   D3            -0.11840802
   D4          -179.96482105
   D5          -179.79685910
   D6            -0.08166407
   D7            -0.04763348
   D8             0.35434989
   D9           179.82256251
   D10            0.11786382
   D11         -179.74192407
   D12          179.98009035
   D13            0.04290428
   D14           -0.13878913
   D15          179.98908383
   D16          179.90297567
   D17         -179.98414064
   D18         -179.98046325
   D19         -179.93068166
   D20         -179.90569716
   D21            0.03797373
   D22         -179.95347783
   D23          179.91984940
   D24         -179.94190424
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9楼2007-04-30 15:53:52
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scjiang

银虫 (正式写手)
太谢谢前辈了，又学到新东西了！

我马上试一试去

再次感谢

o(∩_∩)o...
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10楼2007-04-30 15:56:42
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