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g03w B.01版本中，叶立德型有机化合物计算优势构象基组选择
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各位前辈好，我是刚刚接触g03w没多久的菜鸟，看了很多手册对很多问题还是不太明白，希望得到您们的帮助。 我需要计算一个N-N型叶立德化合物（含有最大原子为氯）的N-N键长，现在遇到了问题。我先描述一下我操作吧。 1， 先在Chem3D Ultra 10.0里面使用Calculations/MM2/Minimiz Energy初步优化了一下结构，点击叶立德的正电N原子和负电N原子发现显示的一个是charge:+1.00；一个是charge:-1.00，于是便用另存为选项保存为Gaussian Input file（gjf格式）。 2， 用UltraEdit10打开gjf格式的文件，发现Chem3D使用的是笛卡尔直角坐标系表示的分子几何构形，里面没有电荷信息。但是我还是把它拿来运行g3w了。我在运行说明行和其后添加的内容是： #HF/6-31G Opt [No title] 0 1 C 0 -3.590182 1.533814 -0.029880 C 0 -3.484144 0.123764 -0.034077 . . . N 0 0.224491 -0.263694 -0.001520 . . N 0 0.642892 -1.677703 -0.011997 . . . H 0 5.824028 -0.951299 0.044691 H 0 4.228762 0.961336 0.055007 3，运行winows单机版本的g03w后每次都跳出错误信息： Severe Error Message # 2070 The processing of the last link ended abnormally. All processing has been aborted. 打开输出文件.out发现最后内容是： Rotational constants (GHZ): 1.4189680 0.2965498 0.2452883 Standard basis: 6-31G (6D, 7F) The combination of multiplicity 1 and 115 electrons is impossible. Error termination via Lnk1e in F:\G03W\l301.exe at Mon Apr 30 13:19:33 2007. Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 2.0 seconds. File lengths (MBytes): RWF= 11 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1 4， 查找帮助手册知道了l301是用来生成基组信息的，我想应该是基组选择出错了，于是把它改成最小的基组STO-3G结果也是一样，改成6-311G和6-31G**也是如此！ 以上就是我的操作了。我现在想问的有以下几条： 1，叶立德型化合物（含有最大原子为氯）在HF方法里应该用什么基组计算最优构象？ 2，描述叶立德型化合物（含有最大原子为氯）的分子构象是用笛卡尔直角坐标还是用z矩阵？我直接用Chem3D 10.0转换成的输入文件是否正确？如错我应该怎么改正？ 3，Charge关键字指定在计算中包含背景电荷的分布。我是不是可以在笛卡尔直角坐标里面含电荷的原子用charge关键字标示出来？标示出来又应该怎么标示？我实在没法理解03中文手册上的那个例子！！ 4， 叶立德型化合物的净电荷为0，我输入的电荷与自旋多重度有没有错？ 5，我是否能将得到的已经优化的输出文件转化成Chem3D那种点击原子就能看见键长键角信息的格式？最后得到的Optimized Parameters应该怎样去转化成可视化的信息？ 实在是太谢谢各位走过路过的前辈帮忙了！这个问题困扰了我好长时间了都还是没有搞定！郁闷啊 我的email :wcumsjy@hotmail.com 附件就是我要计算的结构! [ Last edited by zzgyb on 2008-3-28 at 09:19 ] |
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niliu
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#HF/6-31G opt [No Title] 0 1 C 0 -3.590182 1.533814 -0.029880 C 0 -3.484144 0.123764 -0.034077 C 0 -2.242338 -0.479991 -0.025158 C 0 -1.068742 0.315800 -0.010300 C 0 -1.167222 1.720186 -0.002884 C 0 -2.454718 2.319490 -0.014380 N 0 0.224491 -0.263694 -0.001520 C 0 1.342083 0.524811 0.016961 C 0 1.267951 1.951947 0.026512 C 0 0.027363 2.529237 0.015573 N 0 0.642892 -1.677703 -0.011997 C 0 2.012969 -1.685058 -0.000172 C 0 2.474260 -0.354707 0.019852 C 0 2.920361 -2.774118 -0.008044 C 0 4.271132 -2.485702 0.007472 C 0 4.738433 -1.143828 0.031464 C 0 3.860933 -0.075820 0.037349 H 0 -4.585705 2.006994 -0.038547 H 0 -4.397562 -0.493036 -0.044867 H 0 -2.168710 -1.579086 -0.028775 H 0 -2.556594 3.416962 -0.010999 H 0 2.181956 2.564764 0.040250 H 0 -0.052314 3.628602 0.021069 H 0 0.011174 -2.510237 -0.028795 H 0 2.554575 -3.811990 -0.026889 H 0 5.001695 -3.311438 0.001083 H 0 5.824028 -0.951299 0.044691 H 0 4.228762 0.961336 0.055007 |
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biezhi(金币+2):非常感谢啊！
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有个氮原子上多了个氢，贴上修改后的输入文件。 建议使用gaussview，祝好运！ # opt hf/6-31g [No Title] 0 1 C C 1 B1 C 2 B2 1 A1 C 3 B3 2 A2 1 D1 C 4 B4 3 A3 2 D2 C 1 B5 2 A4 3 D3 N 4 B6 3 A5 2 D4 C 7 B7 4 A6 3 D5 C 8 B8 7 A7 4 D6 C 9 B9 8 A8 7 D7 N 7 B10 4 A9 3 D8 C 11 B11 7 A10 4 D9 C 12 B12 11 A11 7 D10 C 12 B13 11 A12 7 D11 C 14 B14 12 A13 11 D12 C 15 B15 14 A14 12 D13 C 16 B16 15 A15 14 D14 H 1 B17 6 A16 5 D15 H 2 B18 1 A17 6 D16 H 3 B19 2 A18 1 D17 H 6 B20 1 A19 2 D18 H 9 B21 8 A20 7 D19 H 10 B22 9 A21 8 D20 H 14 B23 12 A22 11 D21 H 15 B24 14 A23 12 D22 H 16 B25 15 A24 14 D23 H 17 B26 16 A25 15 D24 B1 1.41403772 B2 1.38082649 B3 1.41803796 B4 1.40785416 B5 1.38087129 B6 1.41715983 B7 1.36787922 B8 1.42909200 B9 1.36837202 B10 1.47464932 B11 1.37014777 B12 1.40819890 B13 1.41755913 B14 1.38130620 B15 1.42111635 B16 1.38227420 B17 1.10228874 B18 1.10222099 B19 1.10156433 B20 1.10219551 B21 1.10051740 B22 1.10226223 B23 1.10060566 B24 1.10254390 B25 1.10261456 B26 1.10059191 A1 120.22713141 A2 119.93298992 A3 120.13055210 A4 120.38032332 A5 121.72435612 A6 120.66033963 A7 122.23294805 A8 117.92266481 A9 130.61483530 A10 106.78615552 A11 108.82082198 A12 130.10211207 A13 117.74148132 A14 121.25876009 A15 121.39179080 A16 119.89961340 A17 119.72938020 A18 119.75884636 A19 119.37764617 A20 120.86944516 A21 119.09550657 A22 120.78572872 A23 119.44087984 A24 119.26360928 A25 121.06536879 D1 0.06720649 D2 0.08191279 D3 -0.11840802 D4 -179.96482105 D5 -179.79685910 D6 -0.08166407 D7 -0.04763348 D8 0.35434989 D9 179.82256251 D10 0.11786382 D11 -179.74192407 D12 179.98009035 D13 0.04290428 D14 -0.13878913 D15 179.98908383 D16 179.90297567 D17 -179.98414064 D18 -179.98046325 D19 -179.93068166 D20 -179.90569716 D21 0.03797373 D22 -179.95347783 D23 179.91984940 D24 -179.94190424 |
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