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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » split_dos分割以后，如何找到对应的原子？
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liufeila

新虫 (小有名气)

[求助] split_dos分割以后，如何找到对应的原子？

第一次使用split_dos，我总共有76个原子，其中1-72号为二氧化钛的一个二维晶面，73-76为吸附在上面的4个金属原子形成的团簇。
1.我如何选择数据呢？是不是把所有的O的P轨道，Ti的d轨道和Pt的d轨道画出来？
2.我是用MS构建的模型，如果我只想看看与金属团簇发生作用的原子，我如何找出其对应的原子序号呢？
万分感谢！
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1楼 2012-06-13 10:14:02
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xueht987

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
WDD880227: 金币+1, 感谢您的指导 2012-06-13 13:51:24
根据POSCAR或者OUTCAR来确定，首先确定与金属团簇发生作用的原子的位置，根据坐标去确定原子序号
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2楼2012-06-13 10:18:34
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liufeila

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xueht987 at 2012-06-13 10:18:34
根据POSCAR或者OUTCAR来确定，首先确定与金属团簇发生作用的原子的位置，根据坐标去确定原子序号

MS上显而易见，就是不知道如何把坐标跟原子序号对应起来，这样找会不会很麻烦？
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3楼2012-06-13 10:24:07
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xueht987

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
liufeila: 金币+4, ★★★很有帮助 2012-06-13 10:41:20
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-06-14 10:16:08
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3楼: Originally posted by liufeila at 2012-06-13 10:24:07
MS上显而易见，就是不知道如何把坐标跟原子序号对应起来，这样找会不会很麻烦？...

OUTCAR里面有各个原子的坐标以及对应的原子序号呀，你能确定坐标，回到OUTCARl里面对应起来就是了。发生作用的原子又不是很多，话说这个也不算麻烦吧
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4楼2012-06-13 10:29:26
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liufeila

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xueht987 at 2012-06-13 10:29:26
OUTCAR里面有各个原子的坐标以及对应的原子序号呀，你能确定坐标，回到OUTCARl里面对应起来就是了。发生作用的原子又不是很多，话说这个也不算麻烦吧...

再有一个问题，这样找出来的原子对应的态密度有意义吗？另，我看了下我所有原子都有7列数据，第一列为能量的话，后面六列是否分别对应s 自旋向上 ，向下，p自旋向上，行下，d自旋向上，向下？
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5楼2012-06-13 10:43:04
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xueht987

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
WDD880227: 金币+1, 感谢提示 2012-06-14 08:42:09
引用回帖:
5楼: Originally posted by liufeila at 2012-06-13 10:43:04
再有一个问题，这样找出来的原子对应的态密度有意义吗？另，我看了下我所有原子都有7列数据，第一列为能量的话，后面六列是否分别对应s 自旋向上 ，向下，p自旋向上，行下，d自旋向上，向下？...

我感觉你这个态密度还是有问题的，你计算的时候自旋开了没有？除了第一列，剩下的六列也对应不上，因为考虑s和p的自旋应该有8列才对。你查一下看看是什么原因啊
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6楼2012-06-13 15:40:03
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liufeila

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by xueht987 at 2012-06-13 15:40:03
我感觉你这个态密度还是有问题的，你计算的时候自旋开了没有？除了第一列，剩下的六列也对应不上，因为考虑s和p的自旋应该有8列才对。你查一下看看是什么原因啊...

开了的，我设置了ISPIN=2的。
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7楼2012-06-13 17:07:11
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liufeila

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by xueht987 at 2012-06-13 15:40:03
我感觉你这个态密度还是有问题的，你计算的时候自旋开了没有？除了第一列，剩下的六列也对应不上，因为考虑s和p的自旋应该有8列才对。你查一下看看是什么原因啊...

我觉得可能是split-dos的问题，这个程序有bug，但是我画图出来跟PVvasp没啥明显的差异呢
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8楼2012-06-13 17:21:10
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xueht987

木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by liufeila at 2012-06-13 17:21:10
我觉得可能是split-dos的问题，这个程序有bug，但是我画图出来跟PVvasp没啥明显的差异呢...

你看一下DOSCAR里面的数据是几列？
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9楼2012-06-13 17:33:53
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liufeila

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by xueht987 at 2012-06-13 17:33:53
你看一下DOSCAR里面的数据是几列？...

我看了DOSCAR里面前面有几行是5列数据，后面的全部是19列数据，我怀疑是split-dos自动把数据只分割成s,p,d自旋向上，向下，因为我做的图跟band图完全能对应。分析dos图也觉得是正确的，你的意见呢？
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10楼2012-06-14 10:06:57
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