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hee_csu

新虫 (著名写手)

[求助] 如何画出这种金属蛋白的结构图

采用oniom方法计算得到金属蛋白的结构，如何得到如下所示的图，该图为文献中的图




[ Last edited by hee_csu on 2012-6-12 at 16:55 ]
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今天有点凉
1楼 2012-06-12 16:52:00
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+2 2012-06-12 20:13:51
hee_csu: 金币+2, ★有帮助 2012-06-13 11:41:26
你先下载vmd程序，或者viewlite也行。然后就是对不同部分挑选不同显示模式的问题了
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2楼2012-06-12 19:20:24
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xuxm03

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
hee_csu: 金币+4 2012-06-13 11:41:35
很明显 ucsf chimera
只有chimera才有这种渲染风格
要是用vmd，那得调到啥时候
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hee_csu
3楼2012-06-12 21:33:14
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hee_csu

新虫 (著名写手)
送鲜花一朵
hee_csu: 回帖置顶 2012-06-14 10:21:55
引用回帖:
3楼: Originally posted by xuxm03 at 2012-06-12 21:33:14
很明显 ucsf chimera
只有chimera才有这种渲染风格
要是用vmd，那得调到啥时候

chimera是可以做出这种图，不过是用蛋白质结构数据库里的pdb文件才行。我用自己算的结构（oniom方法）时，转变为pdb文件后，则没有渲染的蛋白肽链出来，请高手指点。
ps. 文献里就是用自己算的结构弄出来的
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今天有点凉
4楼2012-06-13 07:13:38
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hee_csu

新虫 (著名写手)
我顶，别沉了！
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今天有点凉
5楼2012-06-14 17:26:54
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xuxm03

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
hee_csu: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢，很好的建议。不过我的二级结构明显变化较大，所以我还是想得到其真实的二级结构数据。 2012-06-15 12:02:06
看他的氨基酸也不多啊，主链原子自己写也可以吧。另外二级结构变化不大的情况，可以采用原来的二级结构，而侧链采用你算的结果。
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6楼2012-06-15 04:09:39
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