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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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hee_csu

新虫 (著名写手)

[求助] 如何画出这种金属蛋白的结构图

采用oniom方法计算得到金属蛋白的结构,如何得到如下所示的图,该图为文献中的图




[ Last edited by hee_csu on 2012-6-12 at 16:55 ]
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hee_csu

新虫 (著名写手)

送鲜花一朵
hee_csu: 回帖置顶 2012-06-14 10:21:55
引用回帖:
3楼: Originally posted by xuxm03 at 2012-06-12 21:33:14
很明显 ucsf chimera
只有chimera才有这种渲染风格
要是用vmd,那得调到啥时候

chimera是可以做出这种图,不过是用蛋白质结构数据库里的pdb文件才行。我用自己算的结构(oniom方法)时,转变为pdb文件后,则没有渲染的蛋白肽链出来,请高手指点。
ps. 文献里就是用自己算的结构弄出来的
今天有点凉
4楼2012-06-13 07:13:38
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普通回帖

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gmy1990: 金币+2 2012-06-12 20:13:51
hee_csu: 金币+2, 有帮助 2012-06-13 11:41:26
你先下载vmd程序,或者viewlite也行。然后就是对不同部分挑选不同显示模式的问题了
2楼2012-06-12 19:20:24
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xuxm03

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
hee_csu: 金币+4 2012-06-13 11:41:35
很明显 ucsf chimera
只有chimera才有这种渲染风格
要是用vmd,那得调到啥时候

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3楼2012-06-12 21:33:14
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hee_csu

新虫 (著名写手)

我顶,别沉了!
今天有点凉
5楼2012-06-14 17:26:54
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xuxm03

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
hee_csu: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢,很好的建议。不过我的二级结构明显变化较大,所以我还是想得到其真实的二级结构数据。 2012-06-15 12:02:06
看他的氨基酸也不多啊,主链原子自己写也可以吧。另外二级结构变化不大的情况,可以采用原来的二级结构,而侧链采用你算的结果。
6楼2012-06-15 04:09:39
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