应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 高斯计算中金属离子与氯苯的相互作用结构优化错误
91/1返回列表
查看: 2456  |  回复: 17
查看全部回帖 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

alexwpch

木虫 (正式写手)

[求助] 高斯计算中金属离子与氯苯的相互作用结构优化错误

尝试使用高斯研究金属离子与氯苯的相互作用，在结构优化的时候始终没有结果，出现各种错误，主要是收敛问题。而且经过优化后有的金属离子和氯苯会离得很远，这是初始构型不正确吗，需要如何改动。
将各种错误的输入和输出文件上传，请各位专业人士帮忙分析下，重新提供些输入方法。本人不是理论计算出身，所以可能会有些低级错误，大家轻喷。其中有个唯一运行正确的文件。[ Last edited by alexwpch on 2012-6-11 at 12:15 ]
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : Fe-right.out
    • 2012-06-11 10:41:07, 764.22 K
  • 附件 2 : Nb-L502.out
    • 2012-06-11 10:41:16, 579.93 K
  • 附件 3 : Nb-L9999.out
    • 2012-06-11 10:41:19, 609.11 K
  • 附件 4 : Ti-L9999.out
    • 2012-06-11 10:41:25, 754.43 K
  • 附件 5 : Nb.gjf
    • 2012-06-11 10:41:32, 1.06 K
  • 附件 6 : Ti.gjf
    • 2012-06-11 10:41:46, 1.02 K
  • 附件 7 : Zr-L103.out
    • 2012-06-11 12:15:21, 755.39 K

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-06-11 10:45:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alexwpch

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Mr_WuSH at 2012-06-12 08:11:05
我觉得你可以用Fragment来优化试一试。不熟悉先不要用link，一步一步来·····
（下面的坐标是乱写的··可能跟你的不一样······，只是说一下Fragment的格式··）
# ···············  C ...

试了你的方法，还是不收敛，L502错误。
输入文件如下:
# opt=(cartesian) uhf/genecp Counterpoise=2

Zr

4,1 0,1 4,1
C(Fragment=1)                     1.13913  -0.12117  -0.3112
C(Fragment=1)                     2.45988  -0.4199    0.04978
C(Fragment=1)                     3.34451   0.613     0.38812
C(Fragment=1)                     2.90839   1.94462   0.36548
C(Fragment=1)                     1.58764   2.24334   0.0045
C(Fragment=1)                     0.70301   1.21044  -0.33384
H(Fragment=1)                     0.4637   -0.90981  -0.56953
H(Fragment=1)                     2.79287  -1.43662   0.06706
H(Fragment=1)                     4.35294   0.38492   0.66373
H(Fragment=1)                     3.58383   2.73326   0.6238
H(Fragment=1)                     1.25466   3.26006  -0.01279
Cl(Fragment=1)                   -0.9557    1.58561  -0.7872
Zr(Fragment=2)                   -2.41086  -0.26799  -0.15452

Zr 0
Lanl2DZ
****
C H 0
3-21G
****
Cl 0
6-311G**(d,p)
****

Zr 0
Lanl2DZ
赞一下 回复此楼
5楼2012-06-12 18:43:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alexwpch

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by meteoric30 at 2012-06-12 10:35:30
999不是错 最后一个拉出去 继续算 就行了 maxcycle 最好300比较合适...

嗯，我试下你的方法。
赞一下 回复此楼
6楼2012-06-12 18:43:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alexwpch

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by meteoric30 at 2012-06-12 18:50:19
2楼给出其实是 bsse...我不懂 你试这个干什么。。。999不是错  你有空多看看 小卒版主的faq吧。。。...

不懂BSSE，我基本是自学的，从最简单的烷基苯的电子云密度开始学起，现在想进一步。小卒的faq看过，但是没全搞懂。不懂得只能先放一边，什么时候用了，什么时候再看。而且，我是有机合成的，实验为主，大部分时间需要做实验和看相关文献。
PS：终于知道为什么一些较有名的有机课题组都需要专门的做量化计算的人了。一个人同时学，做，看两个方向很是痛苦啊，而且量化还是没人指导，只能自己摸索。
再PS：我前面发过一个求助贴，请人帮我用G2或G3算一个小分子的生成热，不知道你能不能帮下忙。
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=4576382
赞一下 回复此楼
8楼2012-06-12 20:30:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alexwpch

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by meteoric30 at 2012-06-12 18:50:19
2楼给出其实是 bsse...我不懂 你试这个干什么。。。999不是错  你有空多看看 小卒版主的faq吧。。。...

加了maxcyc=300，xqc，还是L9999错误，并且金属离子离得很远很远到了18A。
赞一下 回复此楼
10楼2012-06-13 08:43:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alexwpch

木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by beefly at 2012-06-13 00:34:56
多半是自旋多重度不合适，计算了一些的高激发态

以Zr和Ti为例，去掉4个电子成四价了以后，最外层是8个电子，sp3刚好填满，这种情况也是高自旋吗？
赞一下 回复此楼
11楼2012-06-13 08:45:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alexwpch

木虫 (正式写手)
引用回帖:
12楼: Originally posted by meteoric30 at 2012-06-13 09:05:33
帖输入文件 我看下~~报错的时候几个收敛了？...

Item               Value     Threshold  Converged?
Maximum Force            0.040574     0.000450     NO
RMS     Force            0.013112     0.000300     NO
Maximum Displacement     0.064171     0.001800     NO
RMS     Displacement     0.014782     0.001200     NO
Predicted change in Energy=-1.206551D-03
四个都不收敛。没法上传附件。
最后一段是
Isotropic Fermi Contact Couplings
        Atom                 a.u.       MegaHertz       Gauss      10(-4) cm-1
     1  C(13)              0.00000       0.00000       0.00000       0.00000
     2  C(13)              0.00000       0.00000       0.00000       0.00000
     3  C(13)              0.00000       0.00000       0.00000       0.00000
     4  C(13)              0.00000       0.00000       0.00000       0.00000
     5  C(13)              0.00000       0.00000       0.00000       0.00000
     6  C(13)              0.00000       0.00000       0.00000       0.00000
     7  H(1)               0.00000       0.00000       0.00000       0.00000
     8  H(1)               0.00000       0.00000       0.00000       0.00000
     9  H(1)               0.00000       0.00000       0.00000       0.00000
    10  H(1)               0.00000       0.00000       0.00000       0.00000
    11  H(1)               0.00000       0.00000       0.00000       0.00000
    12  Cl(35)             0.00000       0.00000       0.00000       0.00000
    13  Zr(91)             0.00000       0.00000       0.00000       0.00000
--------------------------------------------------------
       Center         ----  Spin Dipole Couplings  ----
                      3XX-RR        3YY-RR        3ZZ-RR
--------------------------------------------------------
     1   Atom        0.000000      0.000000      0.000000
     2   Atom        0.000000      0.000000      0.000000
     3   Atom        0.000000      0.000000      0.000000
     4   Atom        0.000000      0.000000      0.000000
     5   Atom        0.000000      0.000000      0.000000
     6   Atom        0.000000      0.000000      0.000000
     7   Atom        0.000000      0.000000      0.000000
     8   Atom        0.000000      0.000000      0.000000
     9   Atom        0.000000      0.000000      0.000000
    10   Atom        0.000000      0.000000      0.000000
    11   Atom        0.000000      0.000000      0.000000
    12   Atom        0.000000      0.000000      0.000000
    13   Atom        0.000000      0.000000      0.000000
--------------------------------------------------------
                        XY            XZ            YZ
--------------------------------------------------------
     1   Atom        0.000000      0.000000      0.000000
     2   Atom        0.000000      0.000000      0.000000
     3   Atom        0.000000      0.000000      0.000000
     4   Atom        0.000000      0.000000      0.000000
     5   Atom        0.000000      0.000000      0.000000
     6   Atom        0.000000      0.000000      0.000000
     7   Atom        0.000000      0.000000      0.000000
     8   Atom        0.000000      0.000000      0.000000
     9   Atom        0.000000      0.000000      0.000000
    10   Atom        0.000000      0.000000      0.000000
    11   Atom        0.000000      0.000000      0.000000
    12   Atom        0.000000      0.000000      0.000000
    13   Atom        0.000000      0.000000      0.000000
--------------------------------------------------------


---------------------------------------------------------------------------------
              Anisotropic Spin Dipole Couplings in Principal Axis System
---------------------------------------------------------------------------------

       Atom             a.u.   MegaHertz   Gauss  10(-4) cm-1        Axes

              Baa     0.0000     0.000     0.000     0.000  1.0000  0.0000  0.0000
     1 C(13)  Bbb     0.0000     0.000     0.000     0.000  0.0000  1.0000  0.0000
              Bcc     0.0000     0.000     0.000     0.000  0.0000  0.0000  1.0000

              Baa     0.0000     0.000     0.000     0.000  1.0000  0.0000  0.0000
     2 C(13)  Bbb     0.0000     0.000     0.000     0.000  0.0000  1.0000  0.0000
              Bcc     0.0000     0.000     0.000     0.000  0.0000  0.0000  1.0000

              Baa     0.0000     0.000     0.000     0.000  1.0000  0.0000  0.0000
     3 C(13)  Bbb     0.0000     0.000     0.000     0.000  0.0000  1.0000  0.0000
              Bcc     0.0000     0.000     0.000     0.000  0.0000  0.0000  1.0000

              Baa     0.0000     0.000     0.000     0.000  1.0000  0.0000  0.0000
     4 C(13)  Bbb     0.0000     0.000     0.000     0.000  0.0000  1.0000  0.0000
              Bcc     0.0000     0.000     0.000     0.000  0.0000  0.0000  1.0000

              Baa     0.0000     0.000     0.000     0.000  1.0000  0.0000  0.0000
     5 C(13)  Bbb     0.0000     0.000     0.000     0.000  0.0000  1.0000  0.0000
              Bcc     0.0000     0.000     0.000     0.000  0.0000  0.0000  1.0000

              Baa     0.0000     0.000     0.000     0.000  1.0000  0.0000  0.0000
     6 C(13)  Bbb     0.0000     0.000     0.000     0.000  0.0000  1.0000  0.0000
              Bcc     0.0000     0.000     0.000     0.000  0.0000  0.0000  1.0000

              Baa     0.0000     0.000     0.000     0.000  1.0000  0.0000  0.0000
     7 H(1)   Bbb     0.0000     0.000     0.000     0.000  0.0000  1.0000  0.0000
              Bcc     0.0000     0.000     0.000     0.000  0.0000  0.0000  1.0000

              Baa     0.0000     0.000     0.000     0.000  1.0000  0.0000  0.0000
     8 H(1)   Bbb     0.0000     0.000     0.000     0.000  0.0000  1.0000  0.0000
              Bcc     0.0000     0.000     0.000     0.000  0.0000  0.0000  1.0000

              Baa     0.0000     0.000     0.000     0.000  1.0000  0.0000  0.0000
     9 H(1)   Bbb     0.0000     0.000     0.000     0.000  0.0000  1.0000  0.0000
              Bcc     0.0000     0.000     0.000     0.000  0.0000  0.0000  1.0000

              Baa     0.0000     0.000     0.000     0.000  1.0000  0.0000  0.0000
    10 H(1)   Bbb     0.0000     0.000     0.000     0.000  0.0000  1.0000  0.0000
              Bcc     0.0000     0.000     0.000     0.000  0.0000  0.0000  1.0000

              Baa     0.0000     0.000     0.000     0.000  1.0000  0.0000  0.0000
    11 H(1)   Bbb     0.0000     0.000     0.000     0.000  0.0000  1.0000  0.0000
              Bcc     0.0000     0.000     0.000     0.000  0.0000  0.0000  1.0000

              Baa     0.0000     0.000     0.000     0.000  1.0000  0.0000  0.0000
    12 Cl(35) Bbb     0.0000     0.000     0.000     0.000  0.0000  1.0000  0.0000
              Bcc     0.0000     0.000     0.000     0.000  0.0000  0.0000  1.0000

              Baa     0.0000     0.000     0.000     0.000  1.0000  0.0000  0.0000
    13 Zr(91) Bbb     0.0000     0.000     0.000     0.000  0.0000  1.0000  0.0000
              Bcc     0.0000     0.000     0.000     0.000  0.0000  0.0000  1.0000


---------------------------------------------------------------------------------



YOU ARE IN A MAZE OF TWISTY LITTLE PASSAGES.
Error termination request processed by link 9999.
Error termination via Lnk1e in d:\gaussian09\l9999.exe at Tue Jun 12 23:56:21 2012.
Job cpu time:  0 days  1 hours 44 minutes 18.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     25 Int=      0 D2E=      0 Chk=      2 Scr=      1
赞一下 回复此楼
14楼2012-06-13 09:56:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alexwpch

木虫 (正式写手)
引用回帖:
15楼: Originally posted by beefly at 2012-06-13 12:56:46
电子排布不能光靠主观猜测。看Ti的例子。从计算输出的电荷上来看，Ti只能失去两个电子。Ti二价离子基态多重度是闭壳层么？自己去查实验数据：

http://physics.nist.gov/cgi-bin/ASD/levels_pt.pl...

这个。。。是我想的太简单了，非常感谢，我先学习下。
赞一下 回复此楼
16楼2012-06-13 15:44:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 alexwpch 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭