| 查看: 740 | 回复: 3 | ||
[求助]
利用MS的Discover 对低聚物进行优化的疑惑
|
|
大家好： 本人拟计算某低聚物与某表面的相互作用能，由于自己是一个MS的初学者，目前遇到以下疑惑，想向大家请教。具体疑惑如下： （1）利用MS的Materials Visualizer构建低聚物分子ABABABAB时（repeat-units中没有该聚合物的单体），将A编辑到AB，有AB到ABA，再到ABAB...,这中间每一步是否都需要利用Discover | Minimizer优化 （2）由于该低聚物的单体在MS的Materials Visualizer建立的低聚物分子，为了进行结构优化，经过多方了解想到这样几种方法 ①利用Discover | Minimizer进行优化 ②运行Discover | Dynamics进行优化 ③有人建议利用“淬火处理”，先对该聚合物在高温下运行Discover | Dynamics，然后再进行低温Discover | Dynamics，不知这种方案是否可行？ 是否还有其他方法？ ④相关资料显示利用Amorphous Cell | Construction 功能 （3）如何评判对低聚物分子的优化取得了较好效果，即评价指标是什么？ （4）为了简化模型，只计算一个低聚物分子与某表面的相互作用，对该低聚物分子是否合适用Amorphous Cell | Construction构建有机分子层？ 直接将该低聚物分子放入表面上的真空层是否合适？ （5）如果已经对构建的低聚物分子优化完毕，直接将得到的*.xtd文件复制到某表面上，此时低聚物的,xtd文件是指的优化过程中最后一时间节点的构型？ （6）我进行了1ns的Discover | Dynamics，但得到的轨迹文档，只是一张静态照片，如何得到t=50ps; t=100ps; t=150ps是的相互作用构型？ 敬请各位专家和高手指点迷津！谢谢！ |
回复此楼» 本帖已获得的红花（最新10朵）
sunyang1988» 猜你喜欢
求调剂
已经有3人回复
-
265求调剂
已经有4人回复
-
085700资源与环境308求调剂
已经有6人回复
-
一志愿吉林大学材料学硕321求调剂
已经有12人回复
-
286分人工智能专业请求调剂愿意跨考！
已经有3人回复
-
329求调剂
已经有5人回复
-
申请回稿延期一个月，编辑同意了。但系统上的时间没变，给编辑又写邮件了，没回复
已经有4人回复
-
材料学硕318求调剂
已经有5人回复
-
一志愿中国海洋大学，生物学，301分，求调剂
已经有6人回复
-
081700化工学硕调剂
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- ms算声子谱（态密度）不光滑
已经有4人回复
- 如何对量子点进行透析处理
已经有9人回复
- MS中晶体的空位建立方法！
已经有11人回复
- MS Dmol优化出现/bin/rm: cannot remove directory 的错误，帮忙解决下吧！
已经有3人回复
- 》》RHF优化水分子比UHF优化水分子构型Cpu-time长？《《
已经有14人回复
- 求有关MS discover 模块的外文文献！
已经有5人回复
- MS discover 计算出错，请高手指点一下
已经有4人回复
- MS中的discover中的analysis是缺省的，是由于什么原因？
已经有4人回复
- 【求助】请教：用MS对富勒烯进行GGA几何优化时core treatment该如何设置呀? tabindex=
已经有3人回复
- 【已经解决】一用优化软件对系统进行清理MS就不能用了
已经有12人回复
- 【讨论】如何利用gaussian来解释关于不同合成条件下得到的两种配合物（50金币）
已经有20人回复
2楼2012-07-16 23:04:41
sunyang1988
至尊木虫 (著名写手)
- 1ST强帖: 1
- 应助: 24 (小学生)
- 贵宾: 0.984
- 金币: 9397.7
- 散金: 1593
- 红花: 23
- 沙发: 1
- 帖子: 1744
- 在线: 1255.8小时
- 虫号: 965316
- 注册: 2010-03-09
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
3楼2012-07-17 00:13:16
409702500
银虫 (著名写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 3017.1
- 散金: 95
- 红花: 5
- 帖子: 1936
- 在线: 381.1小时
- 虫号: 1264061
- 注册: 2011-04-13
- 性别: GG
- 专业: 聚合物共混与复合材料
4楼2013-03-06 11:10:10
