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利用MS的Discover 对低聚物进行优化的疑惑
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大家好： 本人拟计算某低聚物与某表面的相互作用能，由于自己是一个MS的初学者，目前遇到以下疑惑，想向大家请教。具体疑惑如下： （1）利用MS的Materials Visualizer构建低聚物分子ABABABAB时（repeat-units中没有该聚合物的单体），将A编辑到AB，有AB到ABA，再到ABAB...,这中间每一步是否都需要利用Discover | Minimizer优化 （2）由于该低聚物的单体在MS的Materials Visualizer建立的低聚物分子，为了进行结构优化，经过多方了解想到这样几种方法 ①利用Discover | Minimizer进行优化 ②运行Discover | Dynamics进行优化 ③有人建议利用“淬火处理”，先对该聚合物在高温下运行Discover | Dynamics，然后再进行低温Discover | Dynamics，不知这种方案是否可行？ 是否还有其他方法？ ④相关资料显示利用Amorphous Cell | Construction 功能 （3）如何评判对低聚物分子的优化取得了较好效果，即评价指标是什么？ （4）为了简化模型，只计算一个低聚物分子与某表面的相互作用，对该低聚物分子是否合适用Amorphous Cell | Construction构建有机分子层？ 直接将该低聚物分子放入表面上的真空层是否合适？ （5）如果已经对构建的低聚物分子优化完毕，直接将得到的*.xtd文件复制到某表面上，此时低聚物的,xtd文件是指的优化过程中最后一时间节点的构型？ （6）我进行了1ns的Discover | Dynamics，但得到的轨迹文档，只是一张静态照片，如何得到t=50ps; t=100ps; t=150ps是的相互作用构型？ 敬请各位专家和高手指点迷津！谢谢！ |
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