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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » NBO/AIM » AIM计算氢键的八个指标求助
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kuailede

新虫 (初入文坛)

[求助] AIM计算氢键的八个指标求助 已有1人参与

AIM计算氢键有八个指标分别是标准如下所述：(1)正确的拓扑类型 (即存在一个键的临界点(BCP)和一条键径)；(2)在此BCP处适当的电子密度值，约在0.002到0.035 au之间；(3)在此BCP处电子密度的Laplacian值在0.024到0.139 au之间；(4)H和Y原子的相互渗透；(5)氢原子净电荷的增加；(6)氢原子的能量增高；(7)偶极极化的降低；(8)氢原子的原子体积减小。第四个指标是在搞不清楚说是非键半径减去成键半径，成键半径是原子到临界点的距离，那请问非键半径咋办文献是这么说的，非键原子半径则为在此氢键方向上原子与一条等密度线(此处我们取为0.001 au)之间的距离，但实际上怎么操作。盼高手解答！！！
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1楼 2012-06-06 10:25:38
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shangwu

铜虫 (小有名气)
我也遇到相关的问题，求指教。
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去实现自己的梦想。。。。。
3楼2014-09-13 10:11:10
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kuailede

新虫 (初入文坛)
kuailede: 回帖置顶 2012-06-07 11:01:00
Popelier等在研究Y …HC氢键的基础上提出了8 个更加具体的电子密度拓扑性质作为氢键存在的标准，有个标准我一直都没弄懂就是第四个关于氢键相互渗透的。您的文章是这么描述的H 与受体原子Y 的半径之和减小( Δ rH +Δ rY<0, Δ r=r−r0,  这里复合物中原子半径r 计算为原子核与H …Y 之间的BCP之间的距离,  单体中原子半径r0 计算为原子核到
0.001 a.u.等电子密度面的距离),  原子到等电子密度面的距离时怎么量出来的？？
谢谢
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2楼2012-06-07 11:00:11
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★
gmy1990: 金币+3 2014-09-14 06:49:27
参见此文第12小节
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://hi.baidu.com/sobereva/item/932f96260c57eaf951fd8716

以及此文的第六节
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://hi.baidu.com/sobereva/item/692f9a83d8e9a5c8b071545d
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4楼2014-09-13 23:09:13
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