【答案】应助回帖

11楼2012-06-05 17:49:45

gujing136

禁虫 (文坛精英)

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【答案】应助回帖

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六世之爱: 金币+15, ★★★很有帮助, 非常感谢啦，要是能去我这个帖子帮忙看下就更感激了http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=4598674 2012-06-06 11:01:38

引用回帖:

9楼: Originally posted by yjcmwgk at 2012-06-05 15:59:49
你该去问问他们，有没有对称性控制以降低计算量？有没有用RI或其他什么近似方法来加速计算……等等...

我同门做的有对称性的。

我做的类似分子，没有对称性，是双分子结构，四台机器，双核，优化7到8天左右。用M06-2X方法。原子数在150左右，没有对称性。

叫老猫的兔子

12楼2012-06-05 17:52:51

necturnal

铜虫 (初入文坛)

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通过了解你的所说的情况，我觉得计算机都不是什么时间问题，关键在于你们组的人做这个计算的入门时间还有搭建分子结构的时间。
那些计算机时都是你们的input完全没有问题情况下，完成的时间。如果你们出现分子结构不收敛，opt出现虚频等等需要调整的情况，可就不是一个星期可以完成的了，呵呵~
PS，我算过一些大分子大概有200多个原子，b3lyp/6-311G**基组，用的是8核，时间用的不是很多，大概10个小时就完成了吧，当然，这个分子的初始构型比较好，机器配置也比上边说的要好一些。

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六世之爱

yaochuang

13楼2012-06-08 02:01:48

六世之爱

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引用回帖:

13楼: Originally posted by necturnal at 2012-06-08 02:01:48
通过了解你的所说的情况，我觉得计算机都不是什么时间问题，关键在于你们组的人做这个计算的入门时间还有搭建分子结构的时间。
那些计算机时都是你们的input完全没有问题情况下，完成的时间。如果你们出现分子结构 ...

你说的的确是个大问题，刚刚做了一次就没没收敛，呵呵。我现在拿着组里面原来在别的地方做的构型优化做参考调整自己的初始构象呢，希望能有用。要是可以帮我看看这个服务器的配置呗http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=4605085
不太懂，就只能多方咨询下拉，谢啦

14楼2012-06-08 09:06:41

yaochuang

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引用回帖:

你能说说你们机器的配置吗？谢谢！

15楼2013-11-15 10:29:35