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六世之爱

铜虫 (小有名气)

应助: 8 (幼儿园)
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虫号: 1109583
注册: 2010-09-27
性别: GG
专业: 能源化工

[求助] 卟啉（100—150个原子）高斯计算的计算机配置问题

组里一直做卟啉合成，模拟部分一直委托外面的做，现在老师想自己做，但又没有人懂。所以小弟只能上来问问各位战友的意见。我们做卟啉的计算主要是做构型优化，计算下ＬＵＭＯ，ＨＯＭＯ，计算方法一般就是ＤＦＴ，将来也可能引入ＴＤＤＦＴ运算。卟啉大小一般是１００－１５０个原子，其中碳原子５０到７０个吧，剩下的基本都是Ｈ原子。由于我们合成系列化合物比较多，一个系列大概１０个左右，最好一周之内算完。像这种情况应该配置一个什么样的计算机呢？预算大概多少钱？另外，我们学校有一个超算中心，开户免费，现在还处于测试阶段，没有机时费。一个月后开始收机时费，价格未定。不知道这两个选择怎么样选择比较适合我们组的情况。谢谢大家了！

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1楼 2012-06-05 09:51:22

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necturnal

铜虫 (初入文坛)

应助: 4 (幼儿园)
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虫号: 534084
注册: 2008-03-27
专业: 化学动力学

通过了解你的所说的情况，我觉得计算机都不是什么时间问题，关键在于你们组的人做这个计算的入门时间还有搭建分子结构的时间。
那些计算机时都是你们的input完全没有问题情况下，完成的时间。如果你们出现分子结构不收敛，opt出现虚频等等需要调整的情况，可就不是一个星期可以完成的了，呵呵~
PS，我算过一些大分子大概有200多个原子，b3lyp/6-311G**基组，用的是8核，时间用的不是很多，大概10个小时就完成了吧，当然，这个分子的初始构型比较好，机器配置也比上边说的要好一些。