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六世之爱

铜虫 (小有名气)

[求助] 卟啉(100—150个原子)高斯计算的计算机配置问题

组里一直做卟啉合成,模拟部分一直委托外面的做,现在老师想自己做,但又没有人懂。所以小弟只能上来问问各位战友的意见。我们做卟啉的计算主要是做构型优化,计算下LUMO,HOMO,计算方法一般就是DFT,将来也可能引入TDDFT运算。卟啉大小一般是100-150个原子,其中碳原子50到70个吧,剩下的基本都是H原子。由于我们合成系列化合物比较多,一个系列大概10个左右,最好一周之内算完。像这种情况应该配置一个什么样的计算机呢?预算大概多少钱?另外,我们学校有一个超算中心,开户免费,现在还处于测试阶段,没有机时费。一个月后开始收机时费,价格未定。不知道这两个选择怎么样选择比较适合我们组的情况。谢谢大家了!
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necturnal

铜虫 (初入文坛)

通过了解你的所说的情况,我觉得计算机都不是什么时间问题,关键在于你们组的人做这个计算的入门时间还有搭建分子结构的时间。
那些计算机时都是你们的input完全没有问题情况下,完成的时间。如果你们出现分子结构不收敛,opt出现虚频等等需要调整的情况,可就不是一个星期可以完成的了,呵呵~
PS,我算过一些大分子大概有200多个原子,b3lyp/6-311G**基组,用的是8核,时间用的不是很多,大概10个小时就完成了吧,当然,这个分子的初始构型比较好,机器配置也比上边说的要好一些。

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13楼2012-06-08 02:01:48
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查看全部 15 个回答

鱼妃

金虫 (著名写手)

挖坑不填

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
六世之爱: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-06-05 11:54:44
每个体系上百原子
一共十个体系
要求一周内算完?!
我勒个去~
己所不欲,勿施于人;己所欲者,亦勿施人。无论穷达,但守本分;八风不动,独善自身。
2楼2012-06-05 11:47:26
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六世之爱

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 鱼妃 at 2012-06-05 11:47:26
每个体系上百原子
一共十个体系
要求一周内算完?!
我勒个去~

小弟什么都不懂啊,刚接触,组里也没有师兄师姐做这个的。那你估计得多长时间呢?还有自己买计算机和用超算中心的应该怎么选择呢,太感谢了
3楼2012-06-05 11:54:37
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gujing136

禁虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gmy1990: 金币+1 2012-06-05 14:37:43
六世之爱: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-06-05 15:02:35
我们组有人做卟啉,优化,四台机器并行,每台机器双核,1G内存,DFT方法,6-311G(d,p),两到三天。
叫老猫的兔子
4楼2012-06-05 14:11:13
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