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六世之爱

铜虫 (小有名气)

[求助] 卟啉(100—150个原子)高斯计算的计算机配置问题

组里一直做卟啉合成,模拟部分一直委托外面的做,现在老师想自己做,但又没有人懂。所以小弟只能上来问问各位战友的意见。我们做卟啉的计算主要是做构型优化,计算下LUMO,HOMO,计算方法一般就是DFT,将来也可能引入TDDFT运算。卟啉大小一般是100-150个原子,其中碳原子50到70个吧,剩下的基本都是H原子。由于我们合成系列化合物比较多,一个系列大概10个左右,最好一周之内算完。像这种情况应该配置一个什么样的计算机呢?预算大概多少钱?另外,我们学校有一个超算中心,开户免费,现在还处于测试阶段,没有机时费。一个月后开始收机时费,价格未定。不知道这两个选择怎么样选择比较适合我们组的情况。谢谢大家了!
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gujing136

禁虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
六世之爱: 金币+15, ★★★很有帮助, 非常感谢啦,要是能去我这个帖子帮忙看下就更感激了http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=4598674 2012-06-06 11:01:38
引用回帖:
9楼: Originally posted by yjcmwgk at 2012-06-05 15:59:49
你该去问问他们,有没有对称性控制以降低计算量?有没有用RI或其他什么近似方法来加速计算……等等...

我同门做的有对称性的。

我做的类似分子,没有对称性,是双分子结构,四台机器,双核,优化7到8天左右。用M06-2X方法。原子数在150左右,没有对称性。
叫老猫的兔子
12楼2012-06-05 17:52:51
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鱼妃

金虫 (著名写手)

挖坑不填

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
六世之爱: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-06-05 11:54:44
每个体系上百原子
一共十个体系
要求一周内算完?!
我勒个去~
己所不欲,勿施于人;己所欲者,亦勿施人。无论穷达,但守本分;八风不动,独善自身。
2楼2012-06-05 11:47:26
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六世之爱

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 鱼妃 at 2012-06-05 11:47:26
每个体系上百原子
一共十个体系
要求一周内算完?!
我勒个去~

小弟什么都不懂啊,刚接触,组里也没有师兄师姐做这个的。那你估计得多长时间呢?还有自己买计算机和用超算中心的应该怎么选择呢,太感谢了
3楼2012-06-05 11:54:37
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gujing136

禁虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gmy1990: 金币+1 2012-06-05 14:37:43
六世之爱: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-06-05 15:02:35
我们组有人做卟啉,优化,四台机器并行,每台机器双核,1G内存,DFT方法,6-311G(d,p),两到三天。
叫老猫的兔子
4楼2012-06-05 14:11:13
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