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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » cutoff处的势能不为0会对模拟结果造成很大影响吗？
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dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主

[求助] cutoff处的势能不为0会对模拟结果造成很大影响吗？

cutoff处的势能不为0会对模拟结果造成很大影响吗？
即做了cutoff截断后，没有做shift

谢谢大家
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1楼 2012-06-04 21:05:38
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chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2012-06-05 17:03:21
我感觉分子模拟的影响不大
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壁立万仞，无欲则刚
2楼2012-06-05 16:49:11
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dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主
引用回帖:
2楼: Originally posted by chaizhm at 2012-06-05 16:49:11
我感觉分子模拟的影响不大

你做过类似的测试吗？
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3楼2012-06-06 19:58:03
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rush7

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我在拟合势的时候， 尤其是老文献的势， 遇到过类似问题， 不过没做过测试……总觉得有影响 ，某些manual里提到过，但 一般情况下影响不大吧……
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4楼2012-06-07 16:00:39
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