24小时热门版块排行榜    

查看: 1737  |  回复: 3
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

caochen

捐助贵宾 (正式写手)

[求助] 求教如何将chemdraw 画的cdf平面文件转化为GOLD能识别的三维MOL2文件

如标题  如何将chemdraw 画的cdf平面文件转化为GOLD能识别的三维MOL2文件
回复此楼
祭奠
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caixin5120

木虫 (正式写手)


上述中只有 openbabel是免费软件。
4楼2012-06-06 15:17:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答

zhenguo86

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-04 18:44:40
caochen: 金币+6, 有帮助, 谢谢你,这个我也知道,但是 用 chemdraw 做的力场参数不是 很好,对接效果不是很佳,还是谢谢你 2012-06-04 23:04:19
chem3d另存为mol2格式,就好了,祝你好运
2楼2012-06-04 18:34:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caixin5120

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
caochen: 金币+4, ★★★很有帮助, 谢谢你了,这个帖子悬赏金币只剩4了,我给你加 2012-06-05 15:48:05
caochen: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 好像schrodinger也可以,sybyl是开源免费的软件么? 2012-06-05 15:49:28
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-06-05 16:47:28
1. 使用sybyl软件中的concord转换2D to 3D
2. openbabel转换sdf to mol2
3. chem3D 转换好的mol2 在sybyl中处理,校正原子类型,加电荷优化。

其中一种都可以
3楼2012-06-05 09:17:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085700资源与环境308求调剂 +6 墨墨漠 2026-03-18 6/300 2026-03-20 00:02 by 23Postgrad
[论文投稿] 申请回稿延期一个月,编辑同意了。但系统上的时间没变,给编辑又写邮件了,没回复 10+3 wangf9518 2026-03-17 4/200 2026-03-19 23:55 by babero
[考研] 085600材料与化工 求调剂 +14 enenenhui 2026-03-13 15/750 2026-03-19 21:53 by allen-yin
[考研] 0856调剂,是学校就去 +6 sllhht 2026-03-19 7/350 2026-03-19 19:50 by 制度的
[考研] 梁成伟老师课题组欢迎你的加入 +9 一鸭鸭哟 2026-03-14 11/550 2026-03-19 17:22 by !本暗一次!
[考研] 复试调剂 +4 z1z2z3879 2026-03-14 6/300 2026-03-19 17:18 by fei626-918
[考研] 能源材料化学课题组招收硕士研究生8-10名 +4 脱颖而出 2026-03-16 12/600 2026-03-19 16:17 by 脱颖而出
[考研] 266求调剂 +5 阳阳哇塞 2026-03-14 10/500 2026-03-19 15:08 by 阳阳哇塞
[考研] 化学求调剂 +3 临泽境llllll 2026-03-17 4/200 2026-03-19 13:59 by houyaoxu
[考研] 332求调剂 +3 ydfyh 2026-03-17 3/150 2026-03-19 10:14 by 功夫疯狂
[考研] 0703化学调剂,求各位老师收留 +10 秋有木北 2026-03-14 10/500 2026-03-19 05:52 by anny19840123
[考研] 材料工程专硕调剂 +5 204818@lcx 2026-03-17 6/300 2026-03-18 22:55 by 204818@lcx
[考研] 331求调剂(0703有机化学 +7 ZY-05 2026-03-13 8/400 2026-03-18 14:13 by 007_lilei
[考研] 302求调剂 +10 呼呼呼。。。。 2026-03-17 10/500 2026-03-18 12:45 by Linda Hu
[考研] 0703化学336分求调剂 +6 zbzihdhd 2026-03-15 7/350 2026-03-18 09:53 by zhukairuo
[考研] 326求调剂 +5 上岸的小葡 2026-03-15 6/300 2026-03-17 17:26 by ruiyingmiao
[考研] 275求调剂 +4 太阳花天天开心 2026-03-16 4/200 2026-03-17 10:53 by 功夫疯狂
[考研] [导师推荐]西南科技大学国防/材料导师推荐 +3 尖角小荷 2026-03-16 6/300 2026-03-16 23:21 by 尖角小荷
[考研] 070300化学学硕求调剂 +6 太想进步了0608 2026-03-16 6/300 2026-03-16 16:13 by kykm678
[考研] 070303一志愿西北大学学硕310找调剂 +3 d如愿上岸 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:43 by houyaoxu
信息提示
请填处理意见