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caochen

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[求助] 求教如何将chemdraw 画的cdf平面文件转化为GOLD能识别的三维MOL2文件

如标题  如何将chemdraw 画的cdf平面文件转化为GOLD能识别的三维MOL2文件
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zhenguo86

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-04 18:44:40
caochen: 金币+6, 有帮助, 谢谢你,这个我也知道,但是 用 chemdraw 做的力场参数不是 很好,对接效果不是很佳,还是谢谢你 2012-06-04 23:04:19
chem3d另存为mol2格式,就好了,祝你好运
2楼2012-06-04 18:34:09
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caixin5120

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
caochen: 金币+4, ★★★很有帮助, 谢谢你了,这个帖子悬赏金币只剩4了,我给你加 2012-06-05 15:48:05
caochen: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 好像schrodinger也可以,sybyl是开源免费的软件么? 2012-06-05 15:49:28
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-06-05 16:47:28
1. 使用sybyl软件中的concord转换2D to 3D
2. openbabel转换sdf to mol2
3. chem3D 转换好的mol2 在sybyl中处理,校正原子类型,加电荷优化。

其中一种都可以
3楼2012-06-05 09:17:29
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caixin5120

木虫 (正式写手)


上述中只有 openbabel是免费软件。
4楼2012-06-06 15:17:56
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