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sxsfdx

银虫 (小有名气)

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[求助] 体系必须要电中性么？

在一篇文章中，研究短肽和膜相互在作用，我怎么看到体系没有电中性，也使用PME了，并且得到的结论是带电的短肽对膜有穿孔的作用。文章链接http://www.sciencedirect.com/sci ... i/S0005273608001764谢谢了！

问题是，必须要使得体系电中性么？

现在的例子是这样的，我有个大分子，带了很多电荷，假设是100e,加入反离子-100e中和。

如果我要是不用pme（即shift），会发现反粒子不会全部集中在大分子上，并且体系越大，反粒子分布空间越大，则相对来讲大分子上的反粒子越来越少。
这时候可以认为大分子是带纯正电荷的，对于我的体系来讲，大分子与膜的作用很明显。

但是体系打了，计算量大了。

因此我想，我还是使用小体系，只是使得反粒子的数目少点就达到大体系的效果了，不知道这样可以不可以：）

[ Last edited by sxsfdx on 2012-6-3 at 15:08 ]

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