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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 分子动力学模拟时如何利用周期性边界条件？？
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沧海扶摇

金虫 (小有名气)

[求助] 分子动力学模拟时如何利用周期性边界条件？？

本人想对某材料体系进行分子动力学模拟，知道有两种情况即利用周期性边界条件、非周期性边界条件，在实际模拟中应该如何操作，请教大家，这一设置体现在那个对话框上？？？
第二个疑惑
预利用分子动力学研究某聚合物与表面的界面结合能E，见到相关文献提到，
E=Ereaction/2γ,
Ereaction表示相互作用能，γ表示接触面积
不知该情况下γ如何计算

还请高手指教，谢谢
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达人观物外之物，思身后之身！
1楼 2012-05-31 20:39:22
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chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2012-06-01 06:50:35
你用哪个软件，哪个模块，说清楚了别人才好帮助你
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壁立万仞，无欲则刚
2楼2012-05-31 21:41:38
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沧海扶摇

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by chaizhm at 2012-05-31 21:41:38
你用哪个软件，哪个模块，说清楚了别人才好帮助你

MS   的Discover模块

谢谢！
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达人观物外之物，思身后之身！
3楼2012-05-31 22:28:20
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fym11fym

木虫 (正式写手)
你好，现在我也正要算相互作用能，希望楼主能教教我
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期望在最美丽的时候遇见你
4楼2013-03-05 08:16:06
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liuqiang2270

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-03-18 16:39:18
沧海扶摇: 金币+2 2013-03-18 19:25:59
确定这个公式对？？？分子是能量，分母是面积，能量除以面积还等于能量？
我们结合能直接取得相互作用能的负值。！
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5楼2013-03-15 20:32:34
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workmanship

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-03-18 16:39:10
沧海扶摇: 金币+2 2013-03-18 19:26:06
周期性边界条件是在visualizer中设置的，对固体、液体等的模拟一般都用周期性边界条件。需要先验证一下vacuum slab真空层足够大避免上下周期重叠的单元原子之间会有干扰。
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6楼2013-03-17 23:04:58
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