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cj4566

木虫 (正式写手)

[交流] 请教pwscf计算吸附的问题 已有2人参与

我刚开始学习pwscf,想计算分子在ZnO表面的吸附,跟大家请教一下具体步骤。
我的理解是对ZnO bulk进行relax得到优化后的晶格参数,然后用所得的晶格参数建立表面模型,进行收敛测试,最后加上小分子再进行收敛测试和其他计算。

问题是我对ZnO bulk优化完之后,在.out文件中只看到原子坐标,怎么知道优化后的晶格参数呢?坐标如下,ZnO是六方晶系,P63mc空间群。谢谢了!!!
ATOMIC_POSITIONS (crystal)
O        0.333333333   0.666666667   0.382191656
O       -0.333333333  -0.666666667   0.882191656
Zn       0.333333333   0.666666667   0.000408344
Zn      -0.333333333  -0.666666667   0.500408344
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cj4566

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by huazhorg at 2012-05-31 08:31:15
1、你的步骤没有问题。
2、vc-relax完成后,可以用xcrysden软件直接测量优化后的晶格常数,可以看到是有变化的。

谢谢了!!!
5楼2012-05-31 12:32:58
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souledge

专家顾问 (著名写手)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
WDD880227: 金币+2, 感谢您的指导 2012-05-31 15:20:38
如果是做的relax,那么晶格肯定没变化,只有内部格点位置变化了,所以不用看。
如果是做的vc-relax,晶格会发生变化,这时要看最后一步scf的,也就是这句后的
CODE:
     A final scf calculation at the relaxed structure.
     The G-vectors are recalculated for the final unit cell
     Results may differ from those at the preceding step.

crystal axes部分。
或者如果觉得这里的有效位数太少,可以看这句之前的几行的CELL_PARAMETERS下面的3x3矩阵。
思想重于技巧,内涵重于表象
2楼2012-05-30 12:35:08
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cj4566

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by souledge at 2012-05-30 12:35:08
如果是做的relax,那么晶格肯定没变化,只有内部格点位置变化了,所以不用看。
如果是做的vc-relax,晶格会发生变化,这时要看最后一步scf的,也就是这句后的

     A final scf calculation at the relaxed str ...

这样啊,谢谢souledge,那对于吸附体系,需不需要做vc-relax呢?您看我上面写的步骤没什么问题吧,谢了!!!
3楼2012-05-30 14:06:12
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huazhorg

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
WDD880227: 金币+1, 感谢交流提示 2012-05-31 15:20:54
1、你的步骤没有问题。
2、vc-relax完成后,可以用xcrysden软件直接测量优化后的晶格常数,可以看到是有变化的。
4楼2012-05-31 08:31:15
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