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ts2009木虫 (著名写手)
无业游民
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[求助]
哪位大侠知道求蛋白质中两两残基之间的距离的软件或是NAMD的脚本可供使用，不胜感激
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所有的距离都要算，例如一共10个残基，1-2,1-3.。。。所有两个残基之间的距离，望高手指点~~~ [ 来自科研家族 生物医药家族 ] [ Last edited by ts2009 on 2012-5-28 at 20:28 ] |
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4楼2012-05-28 23:08:30
【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-05-29 09:14:08
ts2009: 金币+20, ★★★很有帮助 2012-05-29 09:24:42
感谢参与，应助指数 +1
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ts2009: 金币+20, ★★★很有帮助 2012-05-29 09:24:42
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这个简单使用gromacs中的g_mindist或者g_dist 自己去看看手册这两个命令的区别 要是两两残基之间的距离，我推荐使用g_mindist 把每个残基单独定义一个group就很容易算了。 要是NAMD 的话，自己去写个tcl脚本也可以实现 [ Last edited by jiaoyixiong on 2012-5-28 at 21:14 ] |
2楼2012-05-28 21:13:27
mlanqiang
木虫之王 (文学泰斗)
蓝博士
- 应助: 3409 (副教授)
- 金币: 55278.8
- 散金: 5498
- 红花: 62
- 帖子: 73916
- 在线: 730.8小时
- 虫号: 302202
- 注册: 2006-12-02
- 性别: GG
- 专业: 胶体与界面化学
3楼2012-05-28 21:48:51
5楼2012-05-28 23:34:06
