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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » fix deform 指令拉伸求教
汕头大学海洋科学接受调剂
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wuzhihua1988

新虫 (初入文坛)

[求助] fix deform 指令拉伸求教 已有1人参与

面是写的IN文件，但是模拟得出的结果，一直到应变为0.5时才将近拉断，而且感觉其中应力一度还出现了特别大的值，所以有哪位用过fix deform指令拉伸的还望指教一下？
#lammps graphene  test
units           metal
boundary        p s s  
atom_style      atomic
neighbor 2.0 nsq
neigh_modify delay 1 check yes
read_data       data.graphene
pair_style      tersoff                    
pair_coeff      * * SiCGe.tersoff C
region          1  block  INF 3  INF INF INF INF units box      
group           left region 1
region          2  block  61 INF  INF INF INF INF units box
group           right  region  2
group           boundary union left right
group           mobile subtract all boundary
velocity        mobile create 0.01 4928459 dist gaussian units box
velocity        boundary set 0.0 0.0 0.0 units box
#fix
fix    1 all nvt temp 0.01 0.01 0.001
fix    2 boundary setforce 0.0 0.0 0.0
min_style    sd
minimize    1.0e-12 1.0e-12 1000 1000
#run
timestep    0.001
compute    2 all pe/atom
compute    3 all reduce sum c_2
variable    avepo equal c_3/atoms
compute    4 all stress/atom
compute    strec all reduce sum c_4[1]
variable    s1 equal c_strec/(vol*10000)    #X方向应力
thermo_style custom step temp etotal vol v_avepo v_s1 lx
thermo          1000
run   100000
dump    1 all custom 1000 dump.out id type x y z
#for loop
label    forloop
variable    i loop 400
fix 5 all deform 1000 x erate 0.0015 units box
run    1000
variable    strainx equal lx/62.480000003-1    #X应变
print "@ @ @ @ : ${strainx}  ${s1} "
next    i
jump    in.graphene forloop

拉伸后的VMD图像
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我是菜鸟，所以要早起
1楼 2012-05-28 11:35:37
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

天泊乐

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-08-08 09:29:37
Any box dimension varied by this fix must be periodic.fix deform命令应该用于周期性边界
赞一下(1人) 回复此楼
音乐you我！
5楼2013-08-07 11:48:16
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韩欢欢

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by ldx626 at 2014-03-09 22:35:29
请问，c_strec/(vol*10000)是什么意思呢？10000是怎么来的？

单位换算，1GPa=10000bar
赞一下(1人) 回复此楼
Demi
8楼2014-03-10 09:32:12
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普通回帖

shrekren

禁虫 (小有名气)
★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-01 10:25:37
本帖内容被屏蔽
2楼2012-05-31 00:49:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wuzhihua1988

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by shrekren at 2012-05-31 00:49:08
先顶一下，是不是势函数或者模型的原因

谢谢了，势函数改了个CH.airebo的但感觉也不是很理想
赞一下 回复此楼
我是菜鸟，所以要早起
3楼2012-06-01 09:56:48
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yinhanqing

金虫 (著名写手)
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-17 20:35:45
fix deform命令不能应用于周期性边界条件
赞一下 回复此楼
4楼2012-06-17 20:32:15
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天泊乐

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-08-08 09:29:47
非周期边界条件使用displace atom命令
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音乐you我！
6楼2013-08-07 11:49:21
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ldx626

木虫 (初入文坛)
请问，c_strec/(vol*10000)是什么意思呢？10000是怎么来的？
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7楼2014-03-09 22:35:29
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dyc_2008

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

1、应力很大是正常的，这个模拟出来的，是理论强度，动辄以Gpa为单位。
2、deform，是均匀变形，所以延伸率会非常的大。有次我运行一个测试，3个方向都是周期性，变形到了300%还没断。
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一布福田，二修菩提
9楼2014-03-10 09:57:33
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ldx626

木虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 韩欢欢 at 2014-03-10 09:32:12
单位换算，1GPa=10000bar...

那62.480000003-1是怎么来的？
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10楼2014-03-10 10:22:39
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