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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 如何将CONTCAR转化为在MS中可视化
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xiaoluoj

金虫 (正式写手)

[求助] 如何将CONTCAR转化为在MS中可视化

想以优化好的单胞的CONTCAR建立超胞，以前一直是用VESTA将CONTCAR转化为cif文件，但最经将CONTCAR与cif文件对比发现，cif文件的精度丢失了很多。在论坛上搜了一些脚本，有些问题。求高手指教，有没有更好的脚本或方法
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1楼 2012-05-25 20:31:24
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sars518

木虫 (著名写手)

小木虫灌水大队队长

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+1, 专家考核, 谢谢指教 2012-05-26 12:37:01
存为.xyz 或 其他格式，再导入ms试试
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人生是一场旅行，在欣赏风景的同时，别忘了你也是别人的风景。
2楼2012-05-25 21:37:17
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fzx2008

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
liliangfang: 金币+2, 谢谢交流 2012-05-26 15:30:29
"cif文件的精度丢失了很多"是什么意思？
用最新的VESTA
另有pos2cif.pl 脚本，可以直接将POSCAR或CONTCAR转化成cif文件
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3楼2012-05-26 12:39:37
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xiaoluoj

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by fzx2008 at 2012-05-26 12:39:37
"cif文件的精度丢失了很多"是什么意思？
用最新的VESTA
另有pos2cif.pl 脚本，可以直接将POSCAR或CONTCAR转化成cif文件

精度丢失——
比如在CONTCAR中坐标为：0.0277750147162422  0.3296288917270980  0.1677917378840514
经VESTA转化后： 0.02778      0.32963      0.16779
如果用VESTA转化后的坐标，那么优化就没有多大意义了，不是吗?
因为虽然CONTCAR的精度很高，但经这么一转化，精度“丢失”了。
   另外，当我在VESTA转化的cif文件中人为的补足精度，再将cif导入MS中发现结构完全不对了，困惑！！！
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4楼2012-05-26 14:17:48
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gongjijun

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xiaoluoj at 2012-05-26 14:17:48
精度丢失——
比如在CONTCAR中坐标为：0.0277750147162422  0.3296288917270980  0.1677917378840514
经VESTA转化后： 0.02778      0.32963      0.16779
如果用VESTA转化后的坐标，那么优化就没有多大意义了， ...

0.0277750147162422 后面这么多的数字，有效位数是几位呀？
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5楼2012-05-26 17:32:05
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fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xiaoluoj: 金币+2, ★★★★★最佳答案 2012-05-28 11:16:07
这没有办法的，应该是MS软件自身的问题，cif文件的原子坐标最多只能读到小数点后8位，CONTCAR中是16位。
但是小数点后8位应该足够满足精度要求了，因为VASP读取坐标也只读8位（可以看OUTCAR中读取坐标那部分，都只有8位）。
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6楼2012-05-28 10:27:28
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