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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 用MS计算氢键键能为什么结果为负值？
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a123hu3075

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 用MS计算氢键键能为什么结果为负值？

这是用ms计算出的晶体内氢键键能的值，在这里有两个问题向大家请教：一是，计算这个氢键的键能值为什么为负值？二是，该值单位是Kcal/mol,因此想问每mol 指的是每摩尔晶体中氢键键能的值还是每摩尔氢键键能的值？谢谢！！！
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1楼2012-05-17 18:54:03
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青菜001

金虫 (小有名气)
★
chaizhm: 金币+1, 补充清楚大家更有针对性 2012-05-18 23:03:06
顶，同求解答，楼主能不能把信息再补充的详细一点，譬如用什么模块做的，用来做什么的等等方面的信息
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有问题可以私下里探讨，1986319688@qq.com
2楼2012-05-18 22:17:12
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a123hu3075

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 青菜001 at 2012-05-18 22:17:12:
顶，同求解答，楼主能不能把信息再补充的详细一点，譬如用什么模块做的，用来做什么的等等方面的信息

用forcite,做水合物方面的
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3楼2012-05-19 10:10:24
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hedonistful

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-19 23:14:44
引用回帖:
3楼: Originally posted by a123hu3075 at 2012-05-19 10:10:24:
用forcite,做水合物方面的

LZ,你看看能不能把模型里的H键数量与你的模型匹配起来，就是说不要过多的H键。另外我想问你，你计算了H键的参数，能不能计算H的同位素D键的参数呢？我玩MS不是很多。
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君子豹变≡≡大人虎变≡≡小人革面。
4楼2012-05-19 22:14:05
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a123hu3075

铁杆木虫 (著名写手)
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-05-24 22:07:47
引用回帖:
4楼: Originally posted by hedonistful at 2012-05-19 22:14:05:
LZ,你看看能不能把模型里的H键数量与你的模型匹配起来，就是说不要过多的H键。另外我想问你，你计算了H键的参数，能不能计算H的同位素D键的参数呢？我玩MS不是很多。

我计算 了一下两者的氢键数量是没有变化的。关于是否能够计算同位素这个我也不太清楚，目前还没有做过这方面的计算。你可以试一下看看行不行
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5楼2012-05-20 10:00:39
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独处静隅

金虫 (小有名气)
楼主是怎么用MS计算氢键键能的？求指导。。。有相关教程吗？
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6楼2012-05-24 21:04:28
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猫头鹰love

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

麻烦问一下，楼主你的问题解决没？想请教一下楼主是怎么算的氢键键能的？用的是Forcite模块吗？能不能详细说下啊？非常感谢！另外不知道楼主对于用MS计算氢键的数量的时候，具体设置氢键的键长键角有啥要求啊？是键长最大值为2.5，键角要大于90°吗？请赐教啊，谢谢。
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7楼2013-04-08 15:44:09
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Aimer蕾蕾

金虫 (正式写手)
最近也在学习MS软件计算氢键的事情，不知道怎么建立模型，另外我计算出来的氢键键能有正有负，求解
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青春，为未来！
8楼2014-06-24 11:30:41
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小虫_sang

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by Aimer蕾蕾 at 2014-06-24 11:30:41
最近也在学习MS软件计算氢键的事情，不知道怎么建立模型，另外我计算出来的氢键键能有正有负，求解

你好，最近我也在想如何利用MS计算出结构中氢键的键能问题。听说Forcite模块中的dreiding力场中考虑了氢键作用，我就用该力场优化了结构发现氢键键能最后为负值？？？？你的问题解决了吗？
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9楼2015-02-09 17:18:39
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yz1992yz

新虫 (小有名气)
楼主你好，我也做水合物方面的，麻烦问一下，你的水模型是不是在cvff力场下的spc或者tip模型，氢键是怎样得到的？、
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10楼2015-12-25 09:17:06
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