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houqingzhen

新虫 (初入文坛)

[求助] python-自动访问网络，将htm结果存盘到本地

信息学新手求助：

我现在有个文档，想逐个读取文档里的内容，然后在网页上点击，最后将返回的html结果存盘。
网页网址是
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/old/xognitor.html，
需要选择的选项是BeTs to 17 clades，点击的选项是compare to COGs，
最后将返回的html 结果存盘。
网上有个脚本，但是我不用NCBIWWW这个模块，希望能用url


在网上查找的相关脚本是：
from Bio import Fasta
from Bio.Blast import NCBIWWW

filename_for_blast = 'seq/all.fasta' # 要做blast的fasta文件

parser = Fasta.RecordParser()

file_for_blast = file(filename_for_blast, 'r')
iterator = Fasta.Iterator(file_for_blast, parser)
while 1:
cur_record = iterator.next()
if cur_record is None:
break
print u'打开输出文件%s' % cur_record.title+'.htm'
file_for_blast_result = file(cur_record.title+'.htm', 'w')
print 'Now BLAST >', cur_record.title
''' NCBIWWW.blast函数默认的blast参数是:
expect='10', alignments='50', timeout=20
'''
try:
blast_result = NCBIWWW.blast('blastn', 'nr', cur_record, \
expect='0.001', alignments='1', timeout=1)
file_for_blast_result.write(blast_result.read())
print u'OK，搞定一个'
except:
print u'超时了，做下一个'
file_for_blast_result.close()
file_for_blast.close()

print u'全部搞定!'
raw_input()
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1楼 2012-05-15 22:23:21
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jumper158

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

这个脚本有问题，你的print 语法打的就有问题，这个网址是做什么用的？能有详细的原版么？说不定我可以帮上你
赞一下 回复此楼
游走于牛A与牛C之间，谁的青春不苦憋
2楼2012-06-10 20:49:32
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