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python-自动访问网络，将htm结果存盘到本地
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信息学新手求助： 我现在有个文档，想逐个读取文档里的内容，然后在网页上点击，最后将返回的html结果存盘。 网页网址是 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/old/xognitor.html， 需要选择的选项是BeTs to 17 clades，点击的选项是compare to COGs， 最后将返回的html 结果存盘。 网上有个脚本，但是我不用NCBIWWW这个模块，希望能用url 在网上查找的相关脚本是： from Bio import Fasta from Bio.Blast import NCBIWWW filename_for_blast = 'seq/all.fasta' # 要做blast的fasta文件 parser = Fasta.RecordParser() file_for_blast = file(filename_for_blast, 'r') iterator = Fasta.Iterator(file_for_blast, parser) while 1: cur_record = iterator.next() if cur_record is None: break print u'打开输出文件%s' % cur_record.title+'.htm' file_for_blast_result = file(cur_record.title+'.htm', 'w') print 'Now BLAST >', cur_record.title ''' NCBIWWW.blast函数默认的blast参数是: expect='10', alignments='50', timeout=20 ''' try: blast_result = NCBIWWW.blast('blastn', 'nr', cur_record, \ expect='0.001', alignments='1', timeout=1) file_for_blast_result.write(blast_result.read()) print u'OK，搞定一个' except: print u'超时了，做下一个' file_for_blast_result.close() file_for_blast.close() print u'全部搞定!' raw_input() |
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2楼2012-06-10 20:49:32
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