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sxmx88

金虫 (初入文坛)

[求助] 求B错误:PLAT420和PLAT303 怎样解决?

PLAT303_ALERT_2_B Full Occupancy H-Atom  H8A    with # Connections    3.00      
PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor       O8     -   H8C    ...          ?

PLAT303 Type_2 Test for more than 1 connection to Hydrogen Atoms
--------------------------------------------------------------------------------
Hydrogen atoms are generally connected to only one other atom. A hydrogen
atom between two oxygen atoms is a special case. Investigate whether this
hydrogen atom is better described with a disorder model with two partially
occupied sites. A difference map might show a double-well density.        

PLAT420 Type_2 Test for D-H without acceptor
--------------------------------------------------------------------------------
Potential hydrogen bond donors are checked for the presence of suitable
acceptors using commonly used (Jeffrey) H-bond criteria. As a general rule
there should be an acceptor for each donor. Exceptions are very rare for O-H
and more common for -NH and -NH2. A common error is an -OH on a calculated
position pointing in the wrong direction.

请问各位高手,这两个错误怎么解决?

[ 来自科研家族 晶体材料家族 ]

[ Last edited by sxmx88 on 2012-5-4 at 20:31 ]
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sxmx88

金虫 (初入文坛)

大家踊跃发言啊!
2楼2012-05-04 20:36:28
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sdujjt

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
linhua0402313: 金币+1, 感谢回帖交流! 2012-05-05 10:47:22
sxmx88: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-05-06 21:01:20
1,H8a重新加氢。
2,H8C用理论加氢,可能方式加错,hfix nn
生命像一条大河
3楼2012-05-05 10:33:30
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xiaoshan1988

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by sdujjt at 2012-05-05 10:33:30:
1,H8a重新加氢。
2,H8C用理论加氢,可能方式加错,hfix nn

请问一下,hfix nn
这个命令加氢是加什么氢的啊。。
4楼2012-05-05 11:01:37
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r2rr2r

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
linhua0402313: 金币+1, 感谢回帖交流! 2012-05-05 12:37:49
1 H8A是否位于对称位置?请仔细考察其存在情况,在某一位置的任何原子的总占有率不能超过1
2 重新加H8C,尝试用残峰加氢。
5楼2012-05-05 11:36:45
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sxmx88

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by r2rr2r at 2012-05-05 11:36:45:
1 H8A是否位于对称位置?请仔细考察其存在情况,在某一位置的任何原子的总占有率不能超过1
2 重新加H8C,尝试用残峰加氢。

1.“H8A是否位于对称位置”怎样看?我重复加过几次了,一直有这个问题。
2.用残峰加氢什么意思?
6楼2012-05-06 21:04:22
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sxmx88

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by xiaoshan1988 at 2012-05-05 11:01:37:
请问一下,hfix nn
这个命令加氢是加什么氢的啊。。

1. H8a是游离水上的氢,我加过几次,每次都有这个问题!
7楼2012-05-06 21:07:12
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sxmx88

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by xiaoshan1988 at 2012-05-05 11:01:37:
请问一下,hfix nn
这个命令加氢是加什么氢的啊。。

hfix nn,这个命令加到哪,什么意思?
8楼2012-05-06 21:11:01
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sxmx88

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by r2rr2r at 2012-05-05 11:36:45:
1 H8A是否位于对称位置?请仔细考察其存在情况,在某一位置的任何原子的总占有率不能超过1
2 重新加H8C,尝试用残峰加氢。

2 重新加H8C,尝试用残峰加氢,怎样操作?
9楼2012-05-06 21:11:41
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