应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 程序语言 » Shell&Perl » 请帮忙编写一个perl程序处理文本
53/1返回列表
查看: 2014  |  回复: 26
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

essen11

铜虫 (初入文坛)

[求助] 请帮忙编写一个perl程序处理文本 已有1人参与

现在我碰到这样一个问题，我有一个文本文件1.txt，内容如下：
>序列名字1（序列名字可以任意长度）ATGgcggggccccATAGGGGGGTTCCUTG。。。
>序列名字2ATGgcggggccccAgTAGGGGGGTTCCUTG。。。
>序列名字3CTGgggggggccccccgggggutg。。。。。。
后面还有很多序列

要求从这些序列里面筛选出包含一小段子序列（譬如ccccAg)的序列,以上面的三个序列为例，返回的序列文件应该是
>序列名字2ATGgcggggccccAgTAGGGGGGTTCCUTG。。。。。。
后面还有很多序列。

由于序列1，3不包含这个短序列所以被删除了。

请问怎样编写一个perl程序处理上面的问题啊？谢谢了
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2012-05-04 13:06:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rongren

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

#!/usr/bin/perl  -w
open IN,"<1.txt";
open OUT1,">out1.txt";
while (<IN> {
        chomp;
        my @abc=split;
        if ($abc[1]=~/ccccAg/) {
                print OUT1 "$_\n";   
        }       
        }
close IN;
close OUT1;
赞一下 回复此楼
27楼2014-07-21 21:48:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 27 个回答

cmdblock

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
用per写太麻烦，用grep吧
赞一下 回复此楼
2楼2012-05-04 18:49:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

essen11

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cmdblock at 2012-05-04 18:49:29:
用per写太麻烦，用grep吧

可是grep也不会啊，现在完全不懂编程。
赞一下 回复此楼
3楼2012-05-04 19:46:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

任天青

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
xzhdty: 金币+1, 谢谢参与 2012-05-04 23:28:41
我只懂一点点，希望能帮到你。
把程序另存为find.pl
运行时输入： perl  find.pl 1.txt

程序部分：

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my $subseq="ccccAg";
my $seq;
my $title;
open OUTFILE, ">>outfile.txt";
while(<>{

        if (/>(\w+) (\w+)/) {
                 $title=$1;
                $seq=$2;
                if ($seq=~/$subseq/) {
                        print ">$title\n";
                        print OUTFILE ">$title\n";
                        print OUTFILE "$seq\n";
                }
       
        }

}

close OUTFILE;
赞一下(1人) 回复此楼
实验虐我千百遍，我待实验如初恋...
4楼2012-05-04 20:16:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 27 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭