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上善若水-川

金虫 (小有名气)

[求助] 怎样确定二氧化钛110面的单元晶胞

在使用gromacs时,需要写一个关于二氧化钛(110)面的.itp文件和.gro文件,我想知道怎么用MS建立一个二氧化钛(110)面的单元晶胞,参数是什么,有哪位高手做过二氧化钛的指点一下,妹子跪谢啦~
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最低奋斗目标:农夫,山泉,有点田~~~
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caijj09

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
上善若水-川: 金币+1, 有帮助 2012-05-03 22:07:12
上善若水-川: 金币+1, 有帮助 2012-05-04 14:27:28
看不懂。你是要切面,然后建超胞么?
自强不息
2楼2012-05-03 19:04:48
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caijj09

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 上善若水-川 at 2012-05-03 22:05:11:
切面后建立的单元晶胞呀,不懂切出来的110面的单元晶胞多大才可算一个重复单元?

弄一个2x2 不久可以了么?看楼主的介绍,楼主和俺一样悲催,搞化工的结果现在搞材料
自强不息
4楼2012-05-04 11:52:24
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caijj09

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 上善若水-川 at 2012-05-04 14:26:21:
随便弄个supercell2X2?单元晶胞不是要有重复性吗?直接用supercell的好像不一定是完全重复性的吧,而且可以划分出很多种具有重复性的单元晶胞呀,到底采用哪种单元晶胞,纠结了~哎,我也觉得以前搞化学工程的现 ...

那个画出来的就具有周期重复性吧?楼主详解下  完全重复性?
自强不息
6楼2012-05-04 21:02:21
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金虫 (小有名气)

★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-05-09 13:13:29
以需要的大小来决定晶胞重复多少倍。从MS里导入TiO2,然后切110面,最后用supercell翻倍。2乘2的格子太小了,现在计算机这么强大了,8乘8基本可以。我也在用gromacs做TiO2表面吸附。希望交流

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8楼2012-05-08 23:17:57
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金虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 上善若水-川 at 2012-05-09 11:58:07:
我纠结单元晶胞主要是因为不懂topol.top里面二氧化钛的atoms到底怎么写,写多少才算一个周期,还有,二氧化钛只用考虑nonbond吧?要考虑bond吗?求解答,谢谢哈~

如果是固定上的,那参数就无所谓了。但是也要在拓扑文件里写上参数,要不不给算
10楼2012-05-09 15:21:58
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上善若水-川

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by caijj09 at 2012-05-03 19:04:48:
看不懂。你是要切面,然后建超胞么?

切面后建立的单元晶胞呀,不懂切出来的110面的单元晶胞多大才可算一个重复单元?
最低奋斗目标:农夫,山泉,有点田~~~
3楼2012-05-03 22:05:11
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上善若水-川

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by caijj09 at 2012-05-04 11:52:24:
弄一个2x2 不久可以了么?看楼主的介绍,楼主和俺一样悲催,搞化工的结果现在搞材料

随便弄个supercell2X2?单元晶胞不是要有重复性吗?直接用supercell的好像不一定是完全重复性的吧,而且可以划分出很多种具有重复性的单元晶胞呀,到底采用哪种单元晶胞,纠结了~哎,我也觉得以前搞化学工程的现在搞材料,很心伤~
最低奋斗目标:农夫,山泉,有点田~~~
5楼2012-05-04 14:26:21
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上善若水-川

金虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by caijj09 at 2012-05-04 21:02:21:
那个画出来的就具有周期重复性吧?楼主详解下  完全重复性?

我理解为就是两个单元晶胞连接在一起具有连续性,你看看晶胞的定义吧,我也讲不清楚~
最低奋斗目标:农夫,山泉,有点田~~~
7楼2012-05-05 10:17:59
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上善若水-川

金虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by visualization at 2012-05-08 23:17:57:
以需要的大小来决定晶胞重复多少倍。从MS里导入TiO2,然后切110面,最后用supercell翻倍。2乘2的格子太小了,现在计算机这么强大了,8乘8基本可以。我也在用gromacs做TiO2表面吸附。希望交流

我纠结单元晶胞主要是因为不懂topol.top里面二氧化钛的atoms到底怎么写,写多少才算一个周期,还有,二氧化钛只用考虑nonbond吧?要考虑bond吗?求解答,谢谢哈~
最低奋斗目标:农夫,山泉,有点田~~~
9楼2012-05-09 11:58:07
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