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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 怎样确定二氧化钛110面的单元晶胞
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上善若水-川

金虫 (小有名气)

[求助] 怎样确定二氧化钛110面的单元晶胞

在使用gromacs时，需要写一个关于二氧化钛（110）面的.itp文件和.gro文件，我想知道怎么用MS建立一个二氧化钛（110）面的单元晶胞，参数是什么，有哪位高手做过二氧化钛的指点一下，妹子跪谢啦~
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最低奋斗目标：农夫，山泉，有点田~~~
1楼 2012-05-03 11:25:48
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caijj09

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
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上善若水-川: 金币+1, ★有帮助 2012-05-03 22:07:12
上善若水-川: 金币+1, ★有帮助 2012-05-04 14:27:28
看不懂。你是要切面，然后建超胞么？
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自强不息
2楼2012-05-03 19:04:48
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caijj09

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 上善若水-川 at 2012-05-03 22:05:11:
切面后建立的单元晶胞呀，不懂切出来的110面的单元晶胞多大才可算一个重复单元？

弄一个2x2 不久可以了么？看楼主的介绍，楼主和俺一样悲催，搞化工的结果现在搞材料
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自强不息
4楼2012-05-04 11:52:24
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caijj09

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 上善若水-川 at 2012-05-04 14:26:21:
随便弄个supercell2X2？单元晶胞不是要有重复性吗？直接用supercell的好像不一定是完全重复性的吧，而且可以划分出很多种具有重复性的单元晶胞呀，到底采用哪种单元晶胞，纠结了~哎，我也觉得以前搞化学工程的现 ...

那个画出来的就具有周期重复性吧？楼主详解下  完全重复性？
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自强不息
6楼2012-05-04 21:02:21
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金虫 (小有名气)
★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-05-09 13:13:29
以需要的大小来决定晶胞重复多少倍。从MS里导入TiO2,然后切110面，最后用supercell翻倍。2乘2的格子太小了，现在计算机这么强大了，8乘8基本可以。我也在用gromacs做TiO2表面吸附。希望交流
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上善若水-川
8楼2012-05-08 23:17:57
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金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 上善若水-川 at 2012-05-09 11:58:07:
我纠结单元晶胞主要是因为不懂topol.top里面二氧化钛的atoms到底怎么写，写多少才算一个周期，还有，二氧化钛只用考虑nonbond吧？要考虑bond吗？求解答，谢谢哈~

如果是固定上的，那参数就无所谓了。但是也要在拓扑文件里写上参数，要不不给算
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10楼2012-05-09 15:21:58
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上善若水-川

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by caijj09 at 2012-05-03 19:04:48:
看不懂。你是要切面，然后建超胞么？

切面后建立的单元晶胞呀，不懂切出来的110面的单元晶胞多大才可算一个重复单元？
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3楼2012-05-03 22:05:11
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上善若水-川

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by caijj09 at 2012-05-04 11:52:24:
弄一个2x2 不久可以了么？看楼主的介绍，楼主和俺一样悲催，搞化工的结果现在搞材料

随便弄个supercell2X2？单元晶胞不是要有重复性吗？直接用supercell的好像不一定是完全重复性的吧，而且可以划分出很多种具有重复性的单元晶胞呀，到底采用哪种单元晶胞，纠结了~哎，我也觉得以前搞化学工程的现在搞材料，很心伤~
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5楼2012-05-04 14:26:21
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上善若水-川

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by caijj09 at 2012-05-04 21:02:21:
那个画出来的就具有周期重复性吧？楼主详解下  完全重复性？

我理解为就是两个单元晶胞连接在一起具有连续性，你看看晶胞的定义吧，我也讲不清楚~
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最低奋斗目标：农夫，山泉，有点田~~~
7楼2012-05-05 10:17:59
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上善若水-川

金虫 (小有名气)
送鲜花一朵
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8楼: Originally posted by visualization at 2012-05-08 23:17:57:
以需要的大小来决定晶胞重复多少倍。从MS里导入TiO2,然后切110面，最后用supercell翻倍。2乘2的格子太小了，现在计算机这么强大了，8乘8基本可以。我也在用gromacs做TiO2表面吸附。希望交流

我纠结单元晶胞主要是因为不懂topol.top里面二氧化钛的atoms到底怎么写，写多少才算一个周期，还有，二氧化钛只用考虑nonbond吧？要考虑bond吗？求解答，谢谢哈~
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最低奋斗目标：农夫，山泉，有点田~~~
9楼2012-05-09 11:58:07
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