应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » dmol3计算optics后，不能画图
21/1返回列表
查看: 972  |  回复: 1
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

Yolanda7

捐助贵宾 (正式写手)

[求助] dmol3计算optics后，不能画图

我计算了optics，但是，为什么分析结果时，VIEW、MORE按钮都是灰色的？
输入文件中，Frequency_analysis            on
但是outmol文件中有频率输出的：如下所示。（顺便问下：mode为何从7开始？au_amu是什么意思？km/mol是什么意思？）如何将下面的各种mode对应的构象可视化？
      vibrational frequencies, intensities
  mode     au_amu        cm-1      km/mol
    7    0.024433       125.6        0.00
    8    0.025851       132.9        0.00
    9    0.034656       178.2        9.11
   10    0.049652       255.2        0.00
   11    0.079423       408.3        2.08
   12    0.080145       412.0        1.90
   13    0.088239       453.6        1.45
   14    0.088749       456.2        0.00
   15    0.089135       458.2        0.08
   16    0.089271       458.9        0.00
   17    0.090778       466.6        0.13
   18    0.108502       557.8        0.00
   19    0.118185       607.5        0.00
   20    0.118973       611.6        0.04
   21    0.120033       617.0        0.00
   22    0.140082       720.1        1.58
   23    0.140431       721.9        0.00
   24    0.143854       739.5      104.92
   25    0.147737       759.4        0.00
   26    0.156103       802.4        0.01
   27    0.156245       803.2        0.00
   28    0.158301       813.7       34.18
   29    0.160004       822.5        0.00
   30    0.166928       858.1        0.00
   31    0.167337       860.2        0.00
   32    0.181885       935.0        0.00
   33    0.182419       937.7        0.11
   34    0.183627       943.9        0.01
   35    0.198688      1021.4        5.76
   36    0.199109      1023.5        5.79
   37    0.208609      1072.4        0.01
   38    0.209455      1076.7        1.90
   39    0.211071      1085.0        1.96
   40    0.218173      1121.5        0.01
   41    0.223819      1150.5        7.24
   42    0.224384      1153.4        8.15
   43    0.227672      1170.3        0.33
   44    0.235755      1211.9        0.76
   45    0.236505      1215.8        1.20
   46    0.257799      1325.2        3.03
   47    0.258216      1327.4        2.38
   48    0.267395      1374.5        0.05
   49    0.269203      1383.8        0.00
   50    0.269773      1386.8        0.08
   51    0.270068      1388.3        0.21
   52    0.279985      1439.3        0.01
   53    0.290606      1493.9        0.31
   54    0.296848      1525.9        8.68
   55    0.297145      1527.5        9.21
   56    0.299564      1539.9        2.55
   57    0.299846      1541.4        2.23
   58    0.613753      3155.0        0.27
   59    0.613955      3156.0        0.23
   60    0.614172      3157.1        4.01
   61    0.615179      3162.3        0.51
   62    0.615595      3164.5       25.30
   63    0.616123      3167.2       21.67
   64    0.618198      3177.8       44.50
   65    0.618517      3179.5       56.67
   66    0.618803      3181.0        2.90

Frequencies (cm-1) and normal modes
        7:  125.6    8:  132.9    9:  178.2   10:  255.2   11:  408.3   12:  412.0   13:  453.6   14:  456.2   15:  458.2
  
C  x      0.0002       0.0001       0.0001      -0.0003       0.2778       0.2126       0.0002       0.0006      -0.0090
    y      0.0000       0.0001      -0.0002       0.0001      -0.2088      -0.0526      -0.0044       0.0012      -0.2179
    z      0.2876      -0.1580      -0.2989      -0.0027      -0.0011       0.0003       0.3289       0.2822       0.0042
C  x      0.0000       0.0000       0.0002      -0.0001       0.2461       0.1481      -0.0003       0.0005      -0.0274
    y     -0.0001       0.0001       0.0001       0.0001      -0.0569       0.1685      -0.0068       0.0019      -0.3356
    z     -0.1253      -0.4046      -0.0528       0.3546       0.0012      -0.0006      -0.2226      -0.1382      -0.0129
C  x     -0.0001       0.0000      -0.0001       0.0000      -0.1136      -0.1130      -0.0018       0.0003      -0.0921
    y      0.0000       0.0000       0.0001       0.0001       0.1071       0.2474      -0.0045       0.0017      -0.2242
    z     -0.2140      -0.1406       0.3059       0.0111       0.0003       0.0003      -0.0219      -0.3873       0.0115
C  x     -0.0002       0.0001      -0.0002      -0.0002      -0.1454      -0.1879      -0.0036       0.0010      -0.1756
    y      0.0001       0.0000       0.0001       0.0000       0.0945      -0.2248      -0.0021       0.0009      -0.1172
    z     -0.4154       0.1074      -0.0442      -0.3608      -0.0006       0.0004      -0.1900       0.1762       0.0215
C  x      0.0000       0.0002      -0.0001       0.0001      -0.0700      -0.0015      -0.0074       0.0027      -0.3783
    y      0.0000       0.0000      -0.0001      -0.0002       0.0096      -0.4015       0.0001       0.0001      -0.0007
    z      0.0028       0.3480      -0.2714       0.0000       0.0006      -0.0001       0.3027      -0.0223      -0.0278
C  x      0.0000      -0.0002       0.0000       0.0003       0.0086       0.1883       0.0059      -0.0015       0.2842
    y     -0.0001       0.0001      -0.0001       0.0001      -0.2803      -0.0671      -0.0007      -0.0003      -0.0247
    z      0.3002       0.3081      -0.0336      -0.3541       0.0003       0.0002      -0.2224      -0.3116       0.0041
C  x     -0.0002      -0.0001      -0.0002       0.0003      -0.3068      -0.0074       0.0053      -0.0027       0.2854
    y      0.0000       0.0001       0.0001       0.0001      -0.0014       0.0551       0.0002       0.0003       0.0006
    z      0.0026       0.2441       0.3366      -0.0003       0.0009      -0.0007      -0.0370      -0.0063      -0.0259
C  x     -0.0002       0.0000      -0.0001       0.0002      -0.2861      -0.0068       0.0027      -0.0017       0.1553
    y      0.0000       0.0000       0.0001       0.0002      -0.0067       0.2909      -0.0001       0.0001      -0.0005
    z      0.0006      -0.0213       0.5133      -0.0003      -0.0008       0.0000       0.4780      -0.0246      -0.0096
C  x      0.0000       0.0001       0.0000       0.0003      -0.1190       0.1079      -0.0022       0.0007      -0.0939
    y      0.0000      -0.0001       0.0000       0.0001      -0.1184       0.2416       0.0039      -0.0017       0.2236
    z      0.2121      -0.1444       0.3056      -0.0111      -0.0015       0.0002       0.0186       0.3958       0.0155
C  x      0.0000       0.0001       0.0001       0.0003      -0.1542       0.1808      -0.0039       0.0014      -0.1776
    y      0.0000      -0.0001       0.0000       0.0000      -0.0837      -0.2293       0.0021      -0.0009       0.1149
    z      0.4173       0.0995      -0.0450       0.3611       0.0000       0.0000      -0.2069      -0.1456       0.0199
C  x      0.0001      -0.0004       0.0000      -0.0004       0.0179      -0.1881       0.0059      -0.0029       0.2834
    y      0.0001       0.0000       0.0000      -0.0002       0.2829      -0.0537       0.0010       0.0005       0.0260
    z     -0.2947       0.3133      -0.0328       0.3543       0.0002      -0.0004      -0.1888       0.3338       0.0074
C  x      0.0001       0.0000       0.0001      -0.0002       0.2880      -0.1992       0.0000       0.0006      -0.0108
    y      0.0000      -0.0001       0.0000      -0.0002       0.2106      -0.0428       0.0049      -0.0013       0.2200
    z     -0.2910      -0.1525      -0.2980       0.0030       0.0001       0.0004       0.2984      -0.3092       0.0010
C  x      0.0001       0.0000       0.0000      -0.0002       0.2532      -0.1362      -0.0005       0.0006      -0.0289
    y      0.0000       0.0000       0.0000       0.0000       0.0490       0.1706       0.0064      -0.0024       0.3358
    z      0.1174      -0.4069      -0.0537      -0.3551       0.0003      -0.0001      -0.2079       0.1504      -0.0114
H  x      0.0000       0.0000       0.0001       0.0000       0.1152       0.0823      -0.0014       0.0006      -0.0736
    y      0.0000       0.0000       0.0000       0.0000      -0.0812      -0.0263      -0.0005       0.0000      -0.0220
    z      0.1497      -0.0827      -0.2121      -0.0005      -0.0007       0.0002       0.1811       0.2308       0.0050
H  x      0.0000      -0.0001       0.0001       0.0000       0.1398       0.1202       0.0003       0.0002       0.0121
    y      0.0000       0.0000       0.0001       0.0000       0.0236       0.0941      -0.0017       0.0005      -0.0856
    z     -0.0779      -0.2018      -0.0953       0.1998       0.0008      -0.0003      -0.1628       0.0405      -0.0078
H  x     -0.0001       0.0001      -0.0002      -0.0002      -0.0701      -0.1534       0.0001       0.0000       0.0097
    y      0.0000       0.0000       0.0000      -0.0001       0.0115      -0.1217       0.0001       0.0000       0.0014
    z     -0.2151       0.0433      -0.0867      -0.2022      -0.0005      -0.0002      -0.1477       0.1795       0.0088
H  x      0.0000       0.0001      -0.0001       0.0000      -0.0212      -0.0005      -0.0021       0.0008      -0.1097
    y      0.0000       0.0000       0.0000      -0.0001       0.0039      -0.1621       0.0001      -0.0001       0.0002
    z      0.0014       0.1803      -0.1893       0.0000       0.0005      -0.0002       0.1460      -0.0124      -0.0188
H  x      0.0000      -0.0001       0.0000       0.0001       0.0018       0.0545       0.0017      -0.0004       0.0821
    y     -0.0001       0.0000      -0.0001       0.0002      -0.1911      -0.0473       0.0005      -0.0006       0.0367
    z      0.1410       0.1648      -0.0829      -0.1933       0.0001       0.0002      -0.1510      -0.1332       0.0094
H  x      0.0000       0.0000       0.0000       0.0001      -0.0773       0.1497       0.0000      -0.0001       0.0092
    y      0.0000       0.0000       0.0000       0.0000      -0.0057      -0.1222       0.0000       0.0000      -0.0022
    z      0.2156       0.0392      -0.0871       0.2023       0.0004      -0.0002      -0.1653      -0.1605       0.0069
H  x      0.0001      -0.0002       0.0001      -0.0002       0.0045      -0.0545       0.0018      -0.0009       0.0818
    y      0.0001      -0.0001       0.0000      -0.0002       0.1931      -0.0381      -0.0004       0.0006      -0.0367
    z     -0.1382       0.1674      -0.0824       0.1935      -0.0006      -0.0001      -0.1362       0.1525       0.0110
H  x      0.0002       0.0000       0.0002      -0.0002       0.1190      -0.0766      -0.0014       0.0010      -0.0741
    y      0.0000      -0.0001       0.0000      -0.0001       0.0821      -0.0224       0.0007      -0.0001       0.0227
    z     -0.1516      -0.0799      -0.2116       0.0008      -0.0002       0.0004       0.1567      -0.2439       0.0027
H  x      0.0001       0.0000       0.0000      -0.0002       0.1454      -0.1135       0.0004       0.0001       0.0121
    y      0.0000       0.0000       0.0000       0.0000      -0.0280       0.0929       0.0015      -0.0007       0.0854
    z      0.0737      -0.2030      -0.0956      -0.1997       0.0004      -0.0001      -0.1663      -0.0303      -0.0081

Zero point vibrational energy:      7.292 au

另外，我在计算频率时，下面的选择是灰色的？

计算频率时，下面的选择是灰色的。



频率分析时，下面的选择是灰色的



[ Last edited by Yolanda7 on 2012-5-3 at 10:45 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
喜洋洋~
1楼 2012-05-03 10:39:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zz宝丽

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
1楼: Originally posted by Yolanda7 at 2012-05-03 10:39:02
我计算了optics，但是，为什么分析结果时，VIEW、MORE按钮都是灰色的？
输入文件中，Frequency_analysis            on
但是outmol文件中有频率输出的：如下所示。（顺便问下：mode为何从7开始？au_amu是什么意思 ...

怎么解决的啊？

发自小木虫IOS客户端
回复此楼
2楼2018-09-19 17:10:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 Yolanda7 的主题更新
21/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0817 化学工程 299分求调剂 有科研经历 有二区文章 +9 rare12345 2026-03-18 9/450 2026-03-19 09:46 by 30660438
[考研] 材料专硕英一数二306 +5 z1z2z3879 2026-03-18 5/250 2026-03-19 07:43 by BruceLiu320
[考研] 271材料工程求调剂 +5 .6lL 2026-03-18 5/250 2026-03-19 03:07 by 无懈可击111
[考研] 328求调剂，英语六级551，有科研经历 +3 生物工程调剂 2026-03-16 10/500 2026-03-18 20:41 by Wangjingyue
[考研] 286求调剂 +6 lemonzzn 2026-03-16 9/450 2026-03-18 15:31 by vgtyfty
[考研] 311求调剂 +6 26研0 2026-03-15 6/300 2026-03-18 14:43 by haxia
[考研] 293求调剂 +11 zjl的号 2026-03-16 16/800 2026-03-18 08:10 by zhukairuo
[硕博家园] 湖北工业大学 生命科学与健康学院-课题组招收2026级食品/生物方向硕士 +3 1喜春8 2026-03-17 5/250 2026-03-17 17:18 by ber川cool子
[考研] 26考研求调剂 +6 丶宏Sir 2026-03-13 6/300 2026-03-17 16:13 by 醉在风里
[考研] 材料工程专硕274一志愿211求调剂 +6 薛云鹏 2026-03-15 6/300 2026-03-17 11:05 by 学员h26Tkc
[考研] 302求调剂 +4 小贾同学123 2026-03-15 8/400 2026-03-17 10:33 by 小贾同学123
[考研] 333求调剂 +3 文思客 2026-03-16 7/350 2026-03-16 18:21 by 文思客
[考研] 0854控制工程 359求调剂 可跨专业 +3 626776879 2026-03-14 9/450 2026-03-16 17:42 by 626776879
[考研] 304求调剂 +3 曼殊2266 2026-03-14 3/150 2026-03-16 16:39 by houyaoxu
[考研] 学硕285求调剂 +13 Wisjxn 2026-03-12 46/2300 2026-03-14 10:33 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +7 7712b 2026-03-13 7/350 2026-03-13 21:42 by peike
[硕博家园] 085600 260分求调剂 +3 天空还下雨么 2026-03-13 5/250 2026-03-13 18:46 by 天空还下雨么
[考研] 307求调剂 +5 超级伊昂大王 2026-03-12 5/250 2026-03-13 15:56 by 棒棒球手
[考研] 工科材料085601 279求调剂 +8 困于星晨 2026-03-12 10/500 2026-03-13 15:42 by ms629
[考研] 070303一志愿西北大学学硕310找调剂 +3 d如愿上岸 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:43 by houyaoxu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭