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dmol3计算optics后，不能画图
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我计算了optics，但是，为什么分析结果时，VIEW、MORE按钮都是灰色的？ 输入文件中，Frequency_analysis on 但是outmol文件中有频率输出的：如下所示。（顺便问下：mode为何从7开始？au_amu是什么意思？km/mol是什么意思？）如何将下面的各种mode对应的构象可视化？ vibrational frequencies, intensities mode au_amu cm-1 km/mol 7 0.024433 125.6 0.00 8 0.025851 132.9 0.00 9 0.034656 178.2 9.11 10 0.049652 255.2 0.00 11 0.079423 408.3 2.08 12 0.080145 412.0 1.90 13 0.088239 453.6 1.45 14 0.088749 456.2 0.00 15 0.089135 458.2 0.08 16 0.089271 458.9 0.00 17 0.090778 466.6 0.13 18 0.108502 557.8 0.00 19 0.118185 607.5 0.00 20 0.118973 611.6 0.04 21 0.120033 617.0 0.00 22 0.140082 720.1 1.58 23 0.140431 721.9 0.00 24 0.143854 739.5 104.92 25 0.147737 759.4 0.00 26 0.156103 802.4 0.01 27 0.156245 803.2 0.00 28 0.158301 813.7 34.18 29 0.160004 822.5 0.00 30 0.166928 858.1 0.00 31 0.167337 860.2 0.00 32 0.181885 935.0 0.00 33 0.182419 937.7 0.11 34 0.183627 943.9 0.01 35 0.198688 1021.4 5.76 36 0.199109 1023.5 5.79 37 0.208609 1072.4 0.01 38 0.209455 1076.7 1.90 39 0.211071 1085.0 1.96 40 0.218173 1121.5 0.01 41 0.223819 1150.5 7.24 42 0.224384 1153.4 8.15 43 0.227672 1170.3 0.33 44 0.235755 1211.9 0.76 45 0.236505 1215.8 1.20 46 0.257799 1325.2 3.03 47 0.258216 1327.4 2.38 48 0.267395 1374.5 0.05 49 0.269203 1383.8 0.00 50 0.269773 1386.8 0.08 51 0.270068 1388.3 0.21 52 0.279985 1439.3 0.01 53 0.290606 1493.9 0.31 54 0.296848 1525.9 8.68 55 0.297145 1527.5 9.21 56 0.299564 1539.9 2.55 57 0.299846 1541.4 2.23 58 0.613753 3155.0 0.27 59 0.613955 3156.0 0.23 60 0.614172 3157.1 4.01 61 0.615179 3162.3 0.51 62 0.615595 3164.5 25.30 63 0.616123 3167.2 21.67 64 0.618198 3177.8 44.50 65 0.618517 3179.5 56.67 66 0.618803 3181.0 2.90 Frequencies (cm-1) and normal modes 7: 125.6 8: 132.9 9: 178.2 10: 255.2 11: 408.3 12: 412.0 13: 453.6 14: 456.2 15: 458.2 C x 0.0002 0.0001 0.0001 -0.0003 0.2778 0.2126 0.0002 0.0006 -0.0090 y 0.0000 0.0001 -0.0002 0.0001 -0.2088 -0.0526 -0.0044 0.0012 -0.2179 z 0.2876 -0.1580 -0.2989 -0.0027 -0.0011 0.0003 0.3289 0.2822 0.0042 C x 0.0000 0.0000 0.0002 -0.0001 0.2461 0.1481 -0.0003 0.0005 -0.0274 y -0.0001 0.0001 0.0001 0.0001 -0.0569 0.1685 -0.0068 0.0019 -0.3356 z -0.1253 -0.4046 -0.0528 0.3546 0.0012 -0.0006 -0.2226 -0.1382 -0.0129 C x -0.0001 0.0000 -0.0001 0.0000 -0.1136 -0.1130 -0.0018 0.0003 -0.0921 y 0.0000 0.0000 0.0001 0.0001 0.1071 0.2474 -0.0045 0.0017 -0.2242 z -0.2140 -0.1406 0.3059 0.0111 0.0003 0.0003 -0.0219 -0.3873 0.0115 C x -0.0002 0.0001 -0.0002 -0.0002 -0.1454 -0.1879 -0.0036 0.0010 -0.1756 y 0.0001 0.0000 0.0001 0.0000 0.0945 -0.2248 -0.0021 0.0009 -0.1172 z -0.4154 0.1074 -0.0442 -0.3608 -0.0006 0.0004 -0.1900 0.1762 0.0215 C x 0.0000 0.0002 -0.0001 0.0001 -0.0700 -0.0015 -0.0074 0.0027 -0.3783 y 0.0000 0.0000 -0.0001 -0.0002 0.0096 -0.4015 0.0001 0.0001 -0.0007 z 0.0028 0.3480 -0.2714 0.0000 0.0006 -0.0001 0.3027 -0.0223 -0.0278 C x 0.0000 -0.0002 0.0000 0.0003 0.0086 0.1883 0.0059 -0.0015 0.2842 y -0.0001 0.0001 -0.0001 0.0001 -0.2803 -0.0671 -0.0007 -0.0003 -0.0247 z 0.3002 0.3081 -0.0336 -0.3541 0.0003 0.0002 -0.2224 -0.3116 0.0041 C x -0.0002 -0.0001 -0.0002 0.0003 -0.3068 -0.0074 0.0053 -0.0027 0.2854 y 0.0000 0.0001 0.0001 0.0001 -0.0014 0.0551 0.0002 0.0003 0.0006 z 0.0026 0.2441 0.3366 -0.0003 0.0009 -0.0007 -0.0370 -0.0063 -0.0259 C x -0.0002 0.0000 -0.0001 0.0002 -0.2861 -0.0068 0.0027 -0.0017 0.1553 y 0.0000 0.0000 0.0001 0.0002 -0.0067 0.2909 -0.0001 0.0001 -0.0005 z 0.0006 -0.0213 0.5133 -0.0003 -0.0008 0.0000 0.4780 -0.0246 -0.0096 C x 0.0000 0.0001 0.0000 0.0003 -0.1190 0.1079 -0.0022 0.0007 -0.0939 y 0.0000 -0.0001 0.0000 0.0001 -0.1184 0.2416 0.0039 -0.0017 0.2236 z 0.2121 -0.1444 0.3056 -0.0111 -0.0015 0.0002 0.0186 0.3958 0.0155 C x 0.0000 0.0001 0.0001 0.0003 -0.1542 0.1808 -0.0039 0.0014 -0.1776 y 0.0000 -0.0001 0.0000 0.0000 -0.0837 -0.2293 0.0021 -0.0009 0.1149 z 0.4173 0.0995 -0.0450 0.3611 0.0000 0.0000 -0.2069 -0.1456 0.0199 C x 0.0001 -0.0004 0.0000 -0.0004 0.0179 -0.1881 0.0059 -0.0029 0.2834 y 0.0001 0.0000 0.0000 -0.0002 0.2829 -0.0537 0.0010 0.0005 0.0260 z -0.2947 0.3133 -0.0328 0.3543 0.0002 -0.0004 -0.1888 0.3338 0.0074 C x 0.0001 0.0000 0.0001 -0.0002 0.2880 -0.1992 0.0000 0.0006 -0.0108 y 0.0000 -0.0001 0.0000 -0.0002 0.2106 -0.0428 0.0049 -0.0013 0.2200 z -0.2910 -0.1525 -0.2980 0.0030 0.0001 0.0004 0.2984 -0.3092 0.0010 C x 0.0001 0.0000 0.0000 -0.0002 0.2532 -0.1362 -0.0005 0.0006 -0.0289 y 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0490 0.1706 0.0064 -0.0024 0.3358 z 0.1174 -0.4069 -0.0537 -0.3551 0.0003 -0.0001 -0.2079 0.1504 -0.0114 H x 0.0000 0.0000 0.0001 0.0000 0.1152 0.0823 -0.0014 0.0006 -0.0736 y 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 -0.0812 -0.0263 -0.0005 0.0000 -0.0220 z 0.1497 -0.0827 -0.2121 -0.0005 -0.0007 0.0002 0.1811 0.2308 0.0050 H x 0.0000 -0.0001 0.0001 0.0000 0.1398 0.1202 0.0003 0.0002 0.0121 y 0.0000 0.0000 0.0001 0.0000 0.0236 0.0941 -0.0017 0.0005 -0.0856 z -0.0779 -0.2018 -0.0953 0.1998 0.0008 -0.0003 -0.1628 0.0405 -0.0078 H x -0.0001 0.0001 -0.0002 -0.0002 -0.0701 -0.1534 0.0001 0.0000 0.0097 y 0.0000 0.0000 0.0000 -0.0001 0.0115 -0.1217 0.0001 0.0000 0.0014 z -0.2151 0.0433 -0.0867 -0.2022 -0.0005 -0.0002 -0.1477 0.1795 0.0088 H x 0.0000 0.0001 -0.0001 0.0000 -0.0212 -0.0005 -0.0021 0.0008 -0.1097 y 0.0000 0.0000 0.0000 -0.0001 0.0039 -0.1621 0.0001 -0.0001 0.0002 z 0.0014 0.1803 -0.1893 0.0000 0.0005 -0.0002 0.1460 -0.0124 -0.0188 H x 0.0000 -0.0001 0.0000 0.0001 0.0018 0.0545 0.0017 -0.0004 0.0821 y -0.0001 0.0000 -0.0001 0.0002 -0.1911 -0.0473 0.0005 -0.0006 0.0367 z 0.1410 0.1648 -0.0829 -0.1933 0.0001 0.0002 -0.1510 -0.1332 0.0094 H x 0.0000 0.0000 0.0000 0.0001 -0.0773 0.1497 0.0000 -0.0001 0.0092 y 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 -0.0057 -0.1222 0.0000 0.0000 -0.0022 z 0.2156 0.0392 -0.0871 0.2023 0.0004 -0.0002 -0.1653 -0.1605 0.0069 H x 0.0001 -0.0002 0.0001 -0.0002 0.0045 -0.0545 0.0018 -0.0009 0.0818 y 0.0001 -0.0001 0.0000 -0.0002 0.1931 -0.0381 -0.0004 0.0006 -0.0367 z -0.1382 0.1674 -0.0824 0.1935 -0.0006 -0.0001 -0.1362 0.1525 0.0110 H x 0.0002 0.0000 0.0002 -0.0002 0.1190 -0.0766 -0.0014 0.0010 -0.0741 y 0.0000 -0.0001 0.0000 -0.0001 0.0821 -0.0224 0.0007 -0.0001 0.0227 z -0.1516 -0.0799 -0.2116 0.0008 -0.0002 0.0004 0.1567 -0.2439 0.0027 H x 0.0001 0.0000 0.0000 -0.0002 0.1454 -0.1135 0.0004 0.0001 0.0121 y 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 -0.0280 0.0929 0.0015 -0.0007 0.0854 z 0.0737 -0.2030 -0.0956 -0.1997 0.0004 -0.0001 -0.1663 -0.0303 -0.0081 Zero point vibrational energy: 7.292 au 另外，我在计算频率时，下面的选择是灰色的？  计算频率时，下面的选择是灰色的。  频率分析时，下面的选择是灰色的 [ Last edited by Yolanda7 on 2012-5-3 at 10:45 ] |
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